来了，来了~GSEA官网更新，Mouse基因集终于有了“官方认证”

长久以来GSEA官网都是“稳如磐石”，Human基因集占据着统治地位，而其他物种一直没有上线。研究其他物种（例如小鼠）的研究者不得不自己构建基因集，然而，没有官方认证的基因集往往缺乏“底气”。

9月7日，我们终于迎来了GSEA网站的一次大更新！跟着小编一起来看看吧！

                                                      图1. GSEA 2022年9月7日更新

Mouse MSigDB第一版（v2022.1Mm）发布，收集了约1.6w个基因集，可以直接用于小鼠数据集的GSEA分析，并且出了新版的human MSigDB（v2022.1.Hs）。

这里我们重点来看看Mouse基因集。

图2. Mouse基因集

收集以下Mouse基因集。

MH：mouse-ortholog hallmark gene sets （50个）

MSigDB Hallmarks基因集同源比对到小鼠上获得的基因集

                                                                 图3. Hallmark基因集

M1：positional gene sets （341个）

小鼠染色体带相关的基因集，例如来自1号染色体A1的基因集chr1A1

M2：curated gene sets （2619个）

精选基因集，包括：

1）化学和遗传干扰（chemical and genetic perturbations）基因集932个

2）经典通路（canonical pathways）基因集1687个，包括：BioCarta 252个，Reactome 1249个，WikiPathway 186个。然而，很遗憾，没有来自KEGG pathway数据库的基因集。

M3：regulatory target gene sets基因集2042个

调控靶基因基因集，包括：

1）miRDB数据库的1769个靶基因基因集

2）GTRD数据库的273个靶基因基因集

M5：ontology gene sets (10652个)

本体论基因集，包括：

1. 来自GO数据库的10560个基因集，其中BP 7775个，CC 1039个，MF 1746个
2. 来自肿瘤表型本体论（tumor phenotype ontology）的92个基因集

M8：cell type signature gene sets（214个）

单细胞测序鉴定的细胞类型基因集

网站提供了每个基因集的说明和下载链接，并可以打包下载。

提醒：由于GSEA官网没有提供KEGG pathway的基因集，我们根据KEGG网站，整理了mouse的KEGG pathway基因集供大家使用，赶紧戳链接：在线GSEA分析，任意物种，任意数据集

使用说明：ClusterProfiler在线基因集富集分析，支持自定义基因集、任意物种

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