酸酸甜甜的杨梅数据库

杨梅具有很高的药用和食用价值，其独特的口感在水果市场上备受喜爱，然而杨梅基因组、转录组、遗传作图和表型信息等重要育种数据的收集仍然是一个难题。2021年10月6日，凌恩生物客户浙江农业科学院园艺研究所在《BMC Plant biology》（IF=4.215）期刊正式发表题为“The bayberry database: a multiomic database for Myrica rubra, an important fruit tree with medicinal value”的研究论文。整合了大规模的多组学数据，建立一个完整的、专业的、智能化的杨梅数据库bayberry database，帮助研究人员和园艺学家更好的检索到多种数据。该数据库可访问地址：http://www.bayberrybase.cn。）

bayberry database包含：杨梅组织表达模式的26325个基因、102份不同的果实形态、59个gSSR标记、13706个基因的转录组数据和2张基因组图谱。该数据库还设有参考模块，可以免费浏览和下载多篇提供上述信息的论文。

bayberry database作为一个全面、直观的数据平台，主要数据类型有以下八种

（1）基因组信息：提供最新的杨梅全基因组序列；

（2）基因组浏览：提供基因序列、结构、mRNA等基信息，并显示杨梅基因组的注释;

（3）种质资源数据：杨梅的表型数据和果实图像（果实形态、叶型、果色、单果等）;

（4）分子标记：基于杨梅基因组序列信息，提供43,842个SSR位点，对59gSSRs进行聚类分析;

（5）检索工具：为用户提供多种检索方式;

（6）基因组图谱：提供两种杨梅基因图谱。一是利用RAD标记测序技术构建杨梅遗传图谱；二是杨梅雌株(a)和雄株(b)的SNP标记连锁遗传图谱;

（7）基因表达数据：包含杨梅两个品种枣家杨梅和丁高杨梅授粉后10、20、30、40、50天果实发育过程的转录组数据，通过点击样本名称可以获取基因的详细信息，如基因表达、基因功能、cDNA序列等;

（8）参考资料：收录了1985年—2020年相关文献126篇，在作者许可的情况下可以免费浏览和下载。

总之，bayberry database是一个全面、直观的数据平台，可为研究者提供杨梅的多种注释基因组和种质资源。

参考文献：

The bayberry database: a multiomic database for Myricrubr ,an important fruit tree with medicinal value. BMC Plant Biology, 2021.