最佳生物信息工作环境（2023年11月更新版）

日常工作环境的好坏直接影响我们的心情和效率，这篇文章介绍一下我这些年用得顺手的一些工具。

1.本地电脑

平台： Mac电脑，强烈建议搞生信用苹果：iMac / Mac air / Mac Pro。

终端： iTerm2，比系统自带的好用太多。

编辑器：

• 写代码：Visual Studio Code或Sublime Text

• 写Markdown文档：Typora（已收费，放弃了）

• R画图：当然是Rstudio了（现在优先 UseGalaxy.cn）。

• 工作日记：印象笔记，工作日志在一处记录，所有平台都能同步（电脑，手机，平板）

• 工作笔记：现在用语雀（可写 Markdown 文档）。

2.服务器

操作系统： Ubuntu首选，其次Centos，因为Centos为了追求稳定，内核往往比较旧，有时候一些软件会安装不上，非常麻烦。

Shell： Bash，建议安装bash-it主题

编辑器： vim，编辑器之神， 一般Linux系统都自带，这也是用它的好处之一，无需安装，学会这一个，在任务服务器上都能编辑文本文件（这也是我们打交道最多的一种文件格式，不管是Shell, Python, Perl或R脚本，还是Fasta/Fastq格式的序列文件，本质上都是文本文件）

生信软件安装： 现在建议用用 minimam 或 conda采用 libmamba solver（https://www.anaconda.com/blog/a-faster-conda-for-a-growing-community）。

查看后台任务： htop，由于经常要看后台的任务没有没跑完，htop比系统自带的top命令好用

代码管理： GitHub，生信人平时会写很多脚本，这些脚本在未来某一天可能会再次用到，因此养成良好的备份代码的习惯非常重要，这样日积月累，自己的套路就会越积越多。

以上，就是我的工作环境，供大家参考。

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