RNA-seq——一、Linux软件安装

生信分析离不开大量的软件，大部分软件都是在Linux中使用，在Linux中安装软件主要有以下方式：

一. conda安装

1. 安装miniconda

conda的详细使用方法：Linux安装conda

wget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

source ~/.bashrc
1
2
3
4
5

2. 设置channels

因为软件大都是国外的，在国内下载速度较慢，这里可以把国内的镜像源加入设置，优先从国内镜像源下载，提高下载速度。

conda config --add channels r
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --set show_channel_urls yes

# 清华源不好使的话 可以试试北外的镜像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

# 查看设置好的channels
conda config --get channels
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

3. 使用conda下载软件

在下载软件之前，默认处于base环境下，最好使用conda新建一个小环境，防止软件因为依赖关系而无法安装。

# 查看conda中所有的环境
conda env list
# 查看当前环境中安装的软件
conda list

# 新建环境，python版本可以指定
conda create -n rna -y python=3.6
# 激活环境
conda activate rna
1
2
3
4
5
6
7
8
9

首先可以查看所需软件是否存在：https://bioconda.github.io/conda-package_index.html

# 查找fastqc的所有版本
conda search fastqc

# 默认安装最新版，可以指定安装特定版本
conda install fastqc
1
2
3
4
5

以下是Jimmy老师2018年推荐安装的生信软件：
质控：fastqc、trimmomatic、cutadapt、trim-galore
比对：star、hisat2、bowtie2、bwa、subread
计数：htseq、bedtools、deeptools、salmon

在上面的这些软件中，在python=3.6的环境下，除了htseq和deeptools，其余的都可以使用conda直接安装。这俩我找了一下原因，可能是因为python版本，比如htseq最新版，python最低要求为3.7。我们可以通过安装指定版本（老版本），或者新建一个小环境来解决。

信息时代瞬息万变，现在很多软件层出不穷，这些软件可以尝试练习安装，但是有的可能已经用不到了，或者有更好的软件来代替。

二、wget安装

当软件无法使用conda安装的时候，可以尝试直接用wget进行安装。
首先最好找到需要安装软件的官网，然后找到对应版本的下载链接，使用wget进行下载。相当于下载了一个软件安装包，然后解压安装，最后记得把软件添加到环境变量中，这样就可以全局使用。
以安装aspera为例：

wget -c https://d3gcli72yxqn2z.cloudfront.net/downloads/connect/latest/bin/ibm-aspera-connect_4.2.2.135_linux.tar.gz
# 解压
tar -zxvf ibm-aspera-connect_4.2.2.135_linux.tar.gz
# 安装
./ibm-aspera-connect_4.2.2.135_linux.sh

# 写入环境变量
# export PATH="/home/dzx/.aspera/connect/bin:$PATH"
# 保存并退出
vim ~/.bashrc
# 更新环境变量
source ~/.bashrc
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12

三、pip安装

# 简单粗暴但容易报错
pip install multiqc
1
2

总结

在安装软件时，优先考虑conda安装。conda使用起来不仅方便快捷，而且能够帮助管理软件。当遇到conda安装不了的软件时，可以使用wget进行安装。都安装不了的话，就需要找到软件官网，看看是不是缺少依赖的环境或者软件已经停止维护了。总而言之，软件对应的官网很重要。