本文简要介绍一下生物信息学中保存键值对的最佳实践。
键值对是常见的一种数据结构：Python 中的字典，Perl 中是 Hash 等。如何将键值对保存到文件中，除了序列化方法，如 Python 的 pickle 模块，常见的还有保存为 INI、json 或 YAML 文件。
我的最佳实践是：
数据结构比较简单的情况下，用 json 或 YAML，如果比较复杂，使用更优雅和强大的 YAMl 格式。
先看一个 json 文件，长下面这样：
- {
- "parameters": [
- { "name":"baidu" , "url":"www.baidu.com" },
- { "name":"google" , "url":"www.google.com" },
- ]
- }
同样的内容，YAML 格式为：
- parameters:
- - name: baidu
- url: www.baidu.com
- - name: google
- url: www.google.com
可以看到，json 更严谨，但略显繁琐，没有 YAML 简洁优雅。这里简要介绍一下 YAML 文件格式。
大小写敏感
使用缩进表示层级关系
缩进不允许使用tab，只允许空格
缩进的空格数不重要，只要相同层级的元素左对齐即可
'#'表示注释
键和值不需要分别使用引号，以及允许'#'表示注释，是 YAML 与 json 的两个非常不一样的点，这使得 YAML 更为优雅和强大。
YAML 支持 3 种基本的数据类型：
对象：键值对的集合，又称为映射（mapping）/ 哈希（hashes） / 字典（dictionary）
数组：一组按次序排列的值，又称为序列（sequence） / 列表（list）
标量：单个的、不可再分的值
对象示例：
name: baidu键之后是一个“:”号，然后一个英文空格，接着是值。
数组示例：
- Person:
- - one
- - two
- - three
这跟 Markdown 语法的列表一样：每行一条记录，每条记录以一个减号“-”开头，接着是一个空格，然后是记录内容。
标量示例：
- cpu: 1
- mem: 4
基本的，不可再分割的值就是标量，如 cpu 后面的 1，可以表示 1 条线程，mem 后面的 4，可以表示 4G 内存。
当然，由基本的数据类型可以组成复杂的数据类型，本文不展开说。
用 INI 保存键值对感觉存在于远古时代，改用 json 或 YAML 吧。