方法一：使用rpm安装包升级至ntp-4.2.8p9-1.el6.x86_64.版本
1、升级
传ntp-4.2.8p9-1.el6.x86_64.rpm到服务器上
2.安装依赖包
yum install gcc gcc-c++ openssl-devel libstdc++* libcap*
3.备份旧版本的配置文件
cp -ar /etc/ntp /etc/ntp.bak
cp /etc/ntp.conf /etc/ntp.conf.bak
cp /etc/init.d/ntpd /etc/init.d/ntpd.bak
cp /etc/sysconfig/ntpd /etc/sysconfig/ntpd.bak
cp /etc/sysconfig/ntpdate /etc/sysconfig/ntpdate.bak
service ntpd stop
4.卸载旧的NTPD
yum -y remove ntp*
5.创建/var/lib/ntp目录
install -v -m710 -o ntp -g ntp -d /var/lib/ntp //可能存在目录会报错
6.安装rpm包
rpm -i ntp-4.2.8p9-1.el6.x86_64.rpm
7.还原配置文件
cp /etc/init.d/ntpd.bak /etc/init.d/ntpd
cp /etc/sysconfig/ntpd.bak /etc/sysconfig/ntpd
cp /etc/sysconfig/ntpdate.bak /etc/sysconfig/ntpdate
mv /etc/ntp.bak /etc/ntp
cp /etc/ntp.conf.bak /etc/ntp.conf
方法二：编译安装升级至ntp-dev-4.2.7p425
1.卸载旧版本：
yum -y install vim ntp* wget gcc gcc-c++ ncurses-devel cmake make
cp /etc/ntp.conf /usr/local/src/ntp.conf
cp -ar /etc/ntp /etc/ntp.bak
cp /etc/init.d/ntpd /etc/init.d/ntpd.bak
cp /etc/sysconfig/ntpd /etc/sysconfig/ntpd.bak
cp /etc/sysconfig/ntpdate /etc/sysconfig/ntpdate.bak
service ntpd stop
yum remove ntp*
注意：编译安装不会在/etc下自动生成配置文件，所以我先yum安装ntp 4.2.6p5生成/etc/ntp.conf后复制出配置文件，再卸载ntp。
3、关闭防火墙及SELINUX！
chkconfig iptables off
vim /etc/sysconfig/selinux
将SELINUX=enforcing修改成：
SELINUX=disabled
3.下载并安装ntp 4.2.7p425：
如果服务器可以上网，可直接用wget命令下载：
cd /usr/local/src
wget http://www.eecis.udel.edu/~ntp/ntp_spool/ntp4/ntp-dev/ntp-dev-4.2.7p425.tar.gz
如果服务器不能上网，那你就去http://www.ntp.org/downloads.html下载到本地，然后通过SFTP或FTP上传到服务器上！
4.解包安装ntp-dev-4.2.7p425.tar.gz：
tar zxvf ntp-dev-4.2.7p425.tar.gz
cd ntp-dev-4.2.7p425
./configure --prefix=/usr/local/ntp --enable-all-clocks --enable-parse-clocks
make && make install
5.修改配置文件ntp.conf：
cp /usr/local/src/ntp.conf /etc/ntp.conf
vim /etc/ntp.conf
第(1)种配置：允许任何IP的客户机都可以进行时间同步
则将“restrict default kod nomodify notrap nopeer noquery”这行修改成：
restrict default nomodify
第(2)种配置：只允许192.168.200.*网段的客户机进行时间同步
在“restrict default kod nomodify notrap nopeer noquery”(表示默认拒绝所有IP的时间同步)之后增加一行：
restrict 192.168.200.0 mask 255.255.255.0 nomodify
另外，配置文件默认通过网络同步时间：
server 0.centos.pool.ntp.org iburst
server 1.centos.pool.ntp.org iburst
server 2.centos.pool.ntp.org iburst
server 3.centos.pool.ntp.org iburst
(RedHat默认有类似上面4行内容，域名不一样而已)
如果需要使用本地时间，则把上面4行删掉或者用“#”号注释掉，然后添加以下两行：
server 127.127.1.0
fudge 127.127.1.0 stratum 10
(RedHat默认有上面两行，但被注释掉了)
6.启动ntp服务：
/usr/local/ntp/bin/ntpd -c /etc/ntp.conf -p /tmp/ntpd.pid
检查ntp服务器是否在后台运行可以用下面这条命令：
ps -ef | grep ntp
检查ntpd侦听的UDP 123端口是否正常用下面这条命令：
netstat -unl | grep 123
7.用客户端检验时钟同步服务器是否可用。
8.如需设置ntpd服务开机自动启动，则只需把上面的启动命令放入/etc/rc.local文件中即可。