CADD课程学习（2）-- 靶点晶体结构信息

如何获取靶点晶体结构信息（PDB）

PDB数据库介绍

网址：https://www.rcsb.org/
PDB：蛋白晶体结构资料数据库（Protein Data Bank），1971年由美国Brookhaven、实验室建立，由结构生物信息学研究合作组织维护（RCSB）

PDB数据库可用于获取蛋白质的晶体结构及重要信息，在药物设计中具有一个可靠的而蛋白晶体结构是非常重要的

PDB数据库中的每个蛋白晶体结构均有唯一的ID，由0~9和A-Z组成四位的字符串，如Bcr/Abl靶点的晶体结构之一（PDB ID：1lEP）

PDB数据文件

以 PDB 1IEP为例





其他汇总

PDB数据库使用

自定义输出




具体的晶体复合物信息下载

查看分子蛋白相互作用

还有一些$\pi$-$\pi$键：主要是面对面和点对面

选择显示的键：




练习：

1. 搜集Bcr/Abl靶点的蛋白晶体结构及其涉及的小分子结构，批量下载其PDB结构并整理相关重要信息，如PDB的分辨率，小配体的活性值，蛋白对应的论文信息等，形成初步靶点及其药物分子（包括小分子及抗体等）调研报告。
2. 收集新冠病毒的Spike蛋白及ACE2蛋白的晶体结构，并下载其PDB结构，并整理相关重要信息，如PDB的分辨率，小配体的活性值，蛋白对应的论文信息等，形成初步靶点及其药物分子（包括小分子及抗体等）调研报告。