转录组测序学习第二弹

安装软件

前面已经安装好了conda，那么我们现在需要安装我们后续需要用到的软件
1.先进入我们前面建立的虚拟环境中

conda activate my_env
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2.安装软件

conda install -y sra-tools
conda install -y trimmomatic
conda install -y cutadapt multiqc
conda install -y trim-galore
conda install -y star hisat2 bowtie2
conda install -y subread tophat htseq bedtools deeptools
conda install -y salmon
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安装tophat, htseq和deeptools时出现报错：Solving environment: unsuccessful initial attempt using frozen solve. Retrying with flexible solve.
谷歌之后发现可能是源的问题，经咨询后建议我把清华的源换成北外的源，于是我就尝试了以下操作。
1）找到北外的镜像

2）终端输入conda config --set show_channel_urls yes 生成.condarc文件，然后将里面的镜像内容换成北外的镜像

3)运行 conda clean -i 清除索引缓存，保证用的是镜像站提供的索引。
4)重新尝试安装deeptools

提示在当前源中找不到deeptools,于是我search了一下conda search deeptools发现找不到，我查看了一下原来现在是用的default channels,因此我们需要再加一个参数选择我们要的channel即bioconda

conda install -c bioconda deeptools
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安装成功了，尽管一开始还是unsuccessful，但是等了一会就可以了，还是源不稳定的问题啊！

同理继续安装tophat和htseq，发现htseq成功了，但是tophat失败了，提示需要在python2.7的环境下才能安装。

于是又进行了下面的尝试:
1）创建python2.7环境 conda create -n python27 python=2.7 -y然后激活conda activate python27
2）重新安装tophat，安装成功，但是以后就得2个环境切换着用了，有点麻烦

好了今天的学习就到这里吧哈哈哈哈，请各位大佬指教！

长腿猴子请来的救兵
写于2023年11月15日 一个不开心的日子，抢不到演唱会门票啊啊