AlphaFold-multimer 复合物结构预测

AlphaFold-multimer 复合物结构预测

AlphaFold-multimer是DeepMind开发的AlphaFold项目的一个扩展，旨在预测蛋白质多聚体的三维结构。蛋白质多聚体是由多个蛋白质亚单位相互组装而成的结构，如酶、膜蛋白复合物和病毒颗粒。理解多聚体的结构对于揭示蛋白质的功能和相互作用非常重要。

写在前面：不建议在个人电脑上安装AlphaFold，因为对算力的存储的要求较高，个人电脑的配置而言稍显吃力。建议尝试AlphaFold Colab。

docker容器查看

docker  images       #列出以安装的容器
docker ps            #正在运行的容器
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激活conda的base环境

激活AlphaFold v2.2.0安装环境，可以使用conda env list查看

conda activate /home/murphystar/software/miniconda3/envs/alphafold_test
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AlphaFold2安装路径

cd /home/murphystar/alphafold-2.2.0
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准备复合体的fasta格式的序列文件STAT1_STAT2.fasta如下：

STAT1
MSQWYELQQLDSKFLEQVHQLYDDSFPMEIRQYLAQWLEKQDWEHAANDVSFATIRFHDL
LSQLDDQYSRFSLENNFLLQHNIRKSKRNLQDNFQEDPIQMSMIIYSCLKEERKILENAQ
STAT2
MAQWEMLQNLDSPFQDQLHQLYSHSLLPVDIRQYLAVWIEDQNWQEAALGSDDSKATMLF
FHFLDQLNYECGRCSQDPESLLLQHNLRKFCRDIQPFSQDPTQLAEMIFNLLLEEKRILI

运行AlphaFold-Multimer进行复合体预测

python3 docker/run_docker.py \
	--fasta_paths=STAT1.fasta,STAT2.fasta \
	--max_template_date=2021-11-01 \
	--model_preset=multimer \
	--data_dir=/home/murphystar/alphafold-database/V2.2.0  \
	--output_dir=/home/murphystar/ \
	--gpu_devices=2
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--data_dir参数是数据库的下载路径，所有的指定路径注意使用绝对路径
--model_preset模式修改为multimer进行复合体的结构预测
--gpu_devices指定显卡的ID