基因组大小查询（二）|基因组组装结果查询

基因组大小（size of genome）是指单倍体细胞核中的所含的DNA的总量。在进行基因组测序之前，生物学家是用质量来衡量不同生物之间基因组的大小。对于已经测序发表的基因组，可以直接通过查询相关数据库中提交的基因组信息，对本物种或者近源物种基因组大小进行初步调研。

本期小易课堂给大家介绍几个最常用的数据库，带大家一起学习下如何查找自己目标物种/近源物种基因组信息。本期课堂对于需要查找参考基因组进行有参转录组、重测序等数据分析的老师同样适用哦！

01  NCBI数据库

NCBI（National Center for Biotechnology Information）拥有非常全面的基因组信息（植物、动物、微生物），也是大家最熟知的生物信息学数据库，其集成各种类型的数据库以及提供数据分析和检索资源。

网站链接：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/

通过选择“genome”数据库，然后输入物种拉丁名称：如Citrullus lanatus（西瓜），点击搜索。查询操作及查询结果如下：

特别注意：如果是要作为数据分析的参考基因组，不是所有搜到的基因组都能作为参考基因组，必须要有完整的注释信息才行。当目标物种不止一个基因组时，我们需要浏览基因组列表，进入到列表之后，有gene以及protein注释的才能作为转录组的参考基因组。原核物种的参考基因组要具体到菌株。

如果通过上操作没有查询到本物种的基因组信息，可以通过查询近源物种信息作为参考：

查询方法如下：选择数据库“taxonomy”，输入物种拉丁名，查看本物种不同分类水平上物种有哪些物种已经有基因组发布，查询到有基因组信息的物种后，复制物种名称，按照最开始讲到的方法（图2-3）进入到基因组的详细描述页面，就可以看到此近源物种基因组信息（包括基因组大小）。查找用于有参分析的近源物种参考基因组也可以通过此方法。

详细操作如截图所示：

02  Ensembl数据库

该数据库物种基因组信息丰富且更新及时，基因组注释文件格式标准，基本不需要进行特别整理就可以直接下载供分析使用。

当然，对于查询基因组组装大小自然也不在话下了。https://asia.ensembl.org/index.html

数据库链接：https://cvalues.science.kew.org/search

具体查询操作如下截图：

如果需要参考基因组用于相关数据的有参分析，点击物种查询结果中对应种名，进入下载页面进行基因组及gff文件的下载即可。