物种基因组大小查询之流式结果查询

基因组大小（size of genome）是指单倍体细胞核中所含的DNA的总量。在进行基因组测序之前，生物学家是用质量来衡量不同生物之间基因组的大小。通常使用的单位为pg（10e-12），这个值简称为C-value。通过简单的换算就可以知道大概的碱基的数量。对于已经测序发表的基因组，可以通过相关基因组数据库查询（待下期讲解）。

据估计，地球上一共生活着1000万~1500万种真核生物以及数十亿种细菌和古细菌，而我们发现的只有230万种。已经进行基因组测序的物种就更加稀少：截至目前，只有不到15000个物种的基因组为我们所知，其中大部分还是微生物，已经完成测序的真核生物物种只有2534个，只占已知真核生物总数的不到0.2%（数据来源：Scientific American，2018）。因此C-value在估计基因含量和生物复杂度方面还是有非常大的应用潜力，对于未发表过基因组的物种，需要进行全基因组测序的老师们，一定要提前查下物种的流式结果，能帮助自己更好的制定基因组测序方案。

话不多说，接下来小编重点介绍几个常用的物种C-value查询网站！

01 Animal genome size Database

该数据库是一个全面记载动物基因组大小的数据库。最新的V2版基于786个已发表来源的8004份记录，目前可获得6222个物种（3793种脊椎动物和2429种非脊椎动物）的单倍体DNA含量（C值，以pg为单位）。网站链接：http://www.genomesize.com/results.php?page=1

该网站使用简单，输入需要查询物种的任一/几种组合信息（物种分类级别、物种名称（属名、种名、通用名称）、C-value范围、实验检测方法等），点击搜索按钮，即可获取物种C-value信息。

如输入物种拉丁名称：Anas platyrhynchos（绿头鸭）

搜索结果显示如下图，包含物种各级分类名称、物种名称、通用名称、C-value、染色体数目、参考文献等重要信息。搜索结果显示绿头鸭基因组大小1.24~1.54Gb。

02  Plant DNA C-values Database

植物DNA  C-values数据库目前包含12273种物种的C值数据，包括10770种被子植物、421种裸子植物、303种蕨类植物（246种蕨类植物和蕨类植物盟友以及57种石松植物）、334种苔藓植物和445种藻类。

数据库链接：https://cvalues.science.kew.org/search

该网站物种C-values查询方法与Animal genome size Database方法类似，查询方法及结果如下图所示：

03  Fungal Genome Size Database

该数据库主要收录的是真菌的流式结果，网站还可以链接到我们常用的几个数据库，查询方法及查询示例结果如下：

动物、植物及真菌C-value查询网站的介绍到此结束啦，下一期将给大家介绍常用的、重要的已测序物种基因组数据库！