Nucleic Acids Research | AlphaFold 蛋白质结构数据库

蛋白质是具有重要功能的生物大分子，针对蛋白质的研究涉及科研、医学及生物技术应用等多个方向，了解蛋白质的三维结构可以为理解蛋白质功能的作用和分字机制提供必要的线索。越来越多的研究人员利用人工智能技术，从蛋白质的氨基酸序列入手，预测蛋白质的结构。

AlphaFold是一个可公开访问的，广泛的高精度蛋白质结构预测数据库，它可以从蛋白质的氨基酸序列中做出最先进的蛋白质结构预测。帮助研究者们快速、大规模的进行蛋白结构预测，该数据库可访问地址：https://alphafold.ebi.ac.uk

 

AlphaFold DB 的初版包含21个模型生物蛋白质组中的 360,000 多个预测结构以及相应的元信息和置信度指标。预测的结构包含原子坐标和每个残留物的置信度估计，范围从0到100，分数越高置信度越高，且AlphaFold预测域具有良好的相对位置和方向。

AlphaFold DB提供对PDB和mmCIF格式的原子坐标、JSON格式的PAEs和JSON格式的相应元数据的访问，支持批量下载完整的蛋白质组。在搜索页面，用户可以通过基因名称、蛋白质名称、UniProt登录或生物名称进行搜索，如果需要可以过滤搜索结果，点击蛋白质名称可以跳转到特定蛋白质页面。

总之，AlphaFold作为一个大规模的结构预测数据库，帮助生物学家们获得几乎所有蛋白质序列的结构模型，加快项目进展。

参考文献

AlphaFold Protein Structure Database: massively expanding the structural coverage of protein-sequence space with high-accuracy models. Nucleic Acids Research, 2021.

doi:10.1093/nar/gkab1061