• GSAman | 我「玩着游戏」就把「科研做了」


    据说,今天是「1024」,也就是网传的「程序员」节。虽然我不是「程序员」,不过今天还是可以给大伙分享一款「玩着游戏」就把「科研做了」的工具。

    硬件配置要求

    硬盘空间:不小于100Gb,我主要是担心你的 BAM 文件太大
    内存大小:不小于 8Gb,其实 4Gb 也不是不行
    CPU:能跑就行
    GPU:基本用不上
    其他:键盘鼠标,你总要有吧?

    软件要求

    操作系统:Windows XP 以上,最好 Win7 Win10;MacOS 也可以;Linux的话,也不是不行
    程序要求:IGV-GSAman(到软件内测群获取)
    其他:无,只是你最好有网络,有时候你还是想用一下一些搜索引擎,以及聊天

    为什么玩?

    玩一个游戏,关键是「获得现实生活中无法被满足的成就感」。GSAman是一款能让你同时在游戏里面以及在现实中都获得成就感的游戏。非常实用。我们可以看看,为什么会有成就感。
    首先,这个游戏玩好了,那么就可以让不少人不会白做实验

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    其次,这个游戏玩好了,不会影响别人的心情

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    然后,这个游戏玩好了,可以让很多人少做一些实验,多点时间一起玩其他游戏

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    最后,这个游戏玩好了,还可以改变别人的人生轨迹!!!

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    所以,「GSAman」这个游戏,小玩可独善其身,大玩特玩可兼济天下。多有成就感?对不对?

    怎么玩?

    任务目标,非常简单,也就是「不择手段把一个基因组的基因结构注释给矫正完全」。这里我们看几个实例,比如

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    这个图中显示的,玉米这个位点的原始注释非常糟糕。把两个相邻基因的各一半注释成一个。你需要使用 GSAman 提供的各种工具,结合各类自己想象得到的手段,把这个区间注释成三个基因。这里可以相对明确的看到,应该是 三个基因。尤其是后面另个,肯定是要拆分开来。
    具体也可以看看之前我们分享的游戏教程

    生信石头

    ,赞 81

    你可以不择手段,比如使用近源物种的序列,注释信息;可以使用二代测序,三代测序,链特异转录组测序,甚至是任何组学数据;导入BLASTN结果等等。甚至,你还可以使用自己的超级大脑,去判断每一个外显子的边界,预测基因结构。
    可以用的工具,非常丰富,比如

    生信石头

    ,赞 128

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    其中包括复制序列,一键重构转录本,增加,删除,切开,合并,调整信息。你一定要注意,键盘按住Ctrl或者Command键,就可以鼠标拖拽修改外显子的位置,这个是个秘诀。
    当然,最好是参考这个博文《IGV-GSAman | 极大提高「功能基因组学」研究效率的基因组浏览器》。
    还支持临时存档,时光机《GSAman | 「时光机」!人工矫正基因结构注释神器新特性~》。我们支持**「后悔模式」**,比如你刚刚做的操作,觉得玩得不对,那就退回去,重新玩。确保你的胜率一定不低。关键是这个是单机游戏,没人会知道你悔棋了。
    以及游戏进度导出,Export to GFF3
    甚至是「协作模式」,大家一起玩。你们可以约定好,每个人负责一条染色体,或者负责染色体的部分,然后分头行动,最后用「TBtools」的 GXF Patch 工具,一次合并成一个最终文件。这样就很快打通关。
    当然,还可以伙伴竞赛。这个和「协作模式」一起,每个人负责一个染色体,或者一个物种,看谁先打通关。可以多次重复嘛,这样就很公平。
    好好玩,说不定,那就是全课题组最靓的仔。

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  • 原文地址:https://blog.csdn.net/abai0410/article/details/127691203