下载生成af-only-gnomad.hg19.vcf.gz文件

Mutect2 call mutations 时需要用到一个af-only-gnomad.hg19.vcf.gz文件，如果使用hg38参考基因组，这个文件可以从gatk的resource of bundle上下载，但是对于hg19，并不提供这个文件。但是，我们可以找到gnomAD的完全版，使用bcftools来提取AF信息，并生成新的文件，过程如下：

# 下载后的文件
wget https://hgdownload.soe.ucsc.edu/gbdb/hg19/gnomAD/vcf/gnomad.exomes.r2.0.2.sites.vcf.gz
wget https://hgdownload.soe.ucsc.edu/gbdb/hg19/gnomAD/vcf/gnomad.exomes.r2.0.2.sites.vcf.gz.tbi
 
# 提取AF，压缩并索引
bcftools annotate -x ^INFO/AF gnomad.exomes.r2.0.2.sites.vcf.gz > af-only-gnomad.hg19.vcf
 
# 修改染色体名，和ref一样
zcat af-only-gnomad.hg19.vcf.gz|grep "#" > af_19.head
zcat af-only-gnomad.hg19.vcf.gz|grep -v "#" >af-only-gnomad.hg19.vcf.tmp
 
sed -i "s/^/chr&/g" af-only-gnomad.hg19.vcf.tmp  # -i 直接修改原文件
cat af_19.head af-only-gnomad.hg19.vcf.tmp >  af-only-gnomad.hg19.vcf
# 修改
#vim af-only-gnomad.hg19.vcf
#插入chr 如 ##contig=<ID=Y> 改为 ##contig=<ID=chrY>
 
# 压缩，建索引
bgzip af-only-gnomad.hg19.vcf
bcftools index -t af-only-gnomad.hg19.vcf.gz