肝内胆管结石的病因比较复杂，它与患者的饮食习惯、肝内感染以及胆汁淤滞等有密切关系。
肝内胆管结石会带来很大的伤害，具体表现在以下五个方面：
1、会形成胆汁性梗硬变与门脉高压症，弥漫性肝内胆管结石可逐步导致胆汁性肝硬化，并进一步引起门脉高压症。
2、会形成急性化脓性胆囊炎，肝胆管结石并发急性梗阻化脓性胆管炎时，不论结石梗阻在哪个部位，都会出现毒血症和感染性休克，并导致肝、肾、肺、心等多脏器功能衰竭。
3、会形成肝脓肿及支气管瘘，由于反复发作的急性梗阻性化脓性胆管炎的基础上可形成肝脓肿，其临床症状与急性化脓性胆管炎相似，当脓肿穿破至肺，则形成支气管瘘，临床表现为咳嗽咳脓。
4、会形成肝胆管狭窄，肝胆管结石常导致胆管壁反复的炎症损伤及修复，较终使胆管纤维化性狭窄。
5、会形成胆道出血，当反复的炎症侵蚀导致胆管与相邻血管相通时可发生胆道出血，临床表现为周期性消化道出血、腹痛、发热等。