记录一下在Jupyter notebook中切换内核遇到的问题

1. 下载Anaconda和pycharm

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Other Versions - PyCharm

 激活pycharm专业版：快速通道，参考链接(8条消息) IDEA安装IDE Eval Reset插件_idea eval插件_Major_xx的博客-CSDN博客

2. Anaconda创建与删除环境

• 首先创建环境，环境名字为"your_name"， python==3.6/3.7/3.8均可

# 创建环境
conda create -n your_name python==3.8
 
# 删除环境
conda remove -n your_name --all

• 查看是否创建成功

conda env list

 3. 激活与退出环境

# 激活your_name环境
conda activate your_name
 
# 退出your_name环境
conda deactivate

激活环境之后就可以安装库了，有两种方式，一种是直接 pip install，另一种是 conda install，以安装pytorch为例，点击官网 PyTorch 下载对应的版本。

pip install torch torchvision torchaudio

4. 添加镜像源

使用安装 conda 安装某些包会出现慢或安装失败问题，最有效方法是修改镜像源为国内镜像源。之前都选用清华镜像源，但是2019年后已停止服务。因此推荐选用中科大镜像源。

• 查看已经安装过的镜像源

查看配置项 channels，如果显示带有 tsinghua，则说明已安装过清华镜像。

# 查看已经安装过的镜像源
conda config --show channels
 
# channels:
#  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
#  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
#  - defaults

•  删除上述清华镜像

conda config --remove channels url地址

• 添加中科大和阿里镜像源 

# 添加中科大镜像源
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/menpo/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/
 
# 添加阿里镜像源
conda config --add channels https://mirrors.aliyun.com/pypi/simple/

• 显示检索路径，每次安装包时会将包源路径显示出来

conda config --set show_channel_urls yes
conda config --set always_yes True

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2024年3月10日

又又又来记录一遍设置Jupyter内核的过程，事实证明又在相同的地方摔倒了，大写的尴尬......

根据下面的操作流程操作之后，启动Jupyter时出现了Error 500，于是乎又开始了漫长的排错......

 根据报错显示：

原来是nbconvert与jinjia2两个模块的兼容问题。 于是我卸载nbconvert之后重新安装。

pip uninstall nbconvert
pip install nbconvert

又出现了如下错误：

 于是我又重新安装torch==2.2.1，之后重启Jupyter notebook，成功了。

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又来记录一遍设置Jupyter内核过程，总是在同一个地方摔倒，哎！

jupyter notebook切换内核时，如果从网页端的terminal进去安装，这样使用的不是已经安装好的环境中的python和依赖包。此时我们应该在Anaconda prompt虚拟环境中直接安装jupyter notebook，然后命令启动。

# 激活虚拟环境
conda activate pytorch
# 在虚拟环境中安装ipykernal
conda install ipykernel
# 继续在该环境中安装nb_conda
conda install -c conda-forge nb_conda
# 在该环境中启动 jupyter notebook
jupyter notebook

切换内核的方法：

下面的就不要参考啦，这四个命令一步到位。  

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写在前面，理想的情况下这个问题真的很简单，只需要按照以下步骤依次执行命令，两分钟就能搞定。

# 1.打开anaconda prompt
 
# 2.查看已经安装过的虚拟环境
conda env list
 
# 3.切换环境
conda activate your-env
 
# 4.安装ipykernel 或者 conda install ipykernel也可
pip install ipykernel
 
# 5.将自己的环境添加到ipython的kernel中
python -m ipykernel install --user --name your-env
 
# 6.打开jupyter notebook

我想像中的过程应该是这样的，然后就把它搞定了，但——

conda activate RDKit
 
pip install jupyterlab
 
pip install ipykernel
 
python -m ipykernel install --user --name RDKit
 
conda deactivate

理想很丰满，现实它偏不让你顺利走完！

我在敲下这个命令时【python -m ipykernel install --user --name RDKit】报错！！！说我没有IPython.core模块。

我怀疑是IPython没有安装好，于是乎，参考博客完美解决问题 。jupyter运行出错，提示 “ ModuleNotFoundError: No module named 'IPython.core' ” 的解决方法_weixin_43064339的博客-CSDN博客jupyter运行出错，提示“no module named ipython-core”pip install ipython --ignore-installed ipythonhttps://blog.csdn.net/weixin_43064339/article/details/88594211

pip install ipython --ignore-installed ipython

重启jupyter notebook，就可以看到已经有了虚拟环境了 

在启动的时候又出现了内核连接不了的问题

这里的报错意思是： IOLoop没有初始化成是因为 tornado 的版本功过高导致的，网上都说要不更新tornado 要不降低版本到4.5。参考连接博客解决了问题彻底解决：AttributeError：type object IOLoop has no attribute initialized_Joyyang_c的博客-CSDN博客IOLoop没有初始化成是因为 tornado 的版本功过高导致的，网上都说要不更新tornado 要不降低版本到4.5。去官网查看后找到源码：import timeimport warningstry: import tornadotornado from tornado.log import gen_log from tornado import ioloop if not hasattr(ioloop.IOLoop, 'configurable_dehttps://blog.csdn.net/Joyyang_c/article/details/108486172

 解决办法：

1.首先在你所在的环境下用conda list   or  pip list 查看自己的tornado版本；

conda list 

2.然后pip uninstall tornado  or conda uninstall tornado

pip uninstall tornado 
 
# or
 
conda uninstall tornado

3.conda list 再次确认是否卸载成功

4.安装 pip install tornado==4.4.3 

pip install tornado==4.4.3 
 
# or
 
conda install tornado==4.4.3 

5.关闭重新在端输入jupyter notebook 成功进入（如果安装4.4.3出现setuptools没有先下载这个就ok）

 以上耗时两小时，过程虽然很曲折，但好在结果是好的！！！！！！！