学习Autodock分子对接

下载相关软件包：

一个python2.5版本(用conda下载不了，最低是2.7版)

配置./python2.5/Tools/Scripts到环境变量path里

windows下配置临时的环境变量，这里必须是大写的PATH：

#配置临时的环境变量：
set PATH=D:\Program Files\autodock4\python2.5;%PATH%
set PATH=D:\Program Files\autodock4\python2.5\Tools\Scripts;%PATH%
#查看环境变量变量值：
set path
#查看搜索到的python版本：
>python -V
Python 2.5.3

输入set关键字可以查看当前的所有变量 

下载一个autodocksuite软件包和一个mgltools软件包，windows安装根据提示就可以。

autoduck4自带python2，估计不用自己下载python2

分子对接的步骤：

1.配置autodock的工作目录：

在cmd里配置临时环境变量PATH，打开AutoDockTools可执行文件

点击File-->Preferences-->Set 打开一个窗口：

在General菜单里，设置Startup Directory为你的工作目录

工作目录至少要有如下5个文件：

  将工作目录复制到输入框内，点击Make Default即可

2.导入作为受体分子pdb文件、去游离O原子(水)、加H原子，保存为pdbqt文件：

选择File-->Read Molecule 将工作目录下的pdb文件导入

若是在结构预览窗里有红色的小点（游离的水(O原子)），将其删除：

选择Edit-->Delete Water

对残基加上H原子：

选择Edit-->Hydrogens-->Add-->OK

将处理好的构象选择为受体，保存为作为受体的pdbQT文件：

Grid-->Macromolecule-->Choose.. 在弹出的选择窗里选择目标对象，对出现的警告信息继续确定，对弹出的选择pdbqt文件保存路径的窗口进行确认

该步骤会自动对受体进行电荷计算

3.处理小分子配体pdb文件，保存为pdbqt文件

删掉栏目里的受体对象，同样导入小分子的pdb文件

进行加H原子操作：Edit-->Hydrogens-->Add-->OK

保存为配体的pdbqt文件：ligand-->input-->choose.. 在弹窗里选择配体文件，确定后对警告弹窗进行确定。

在警告弹窗里会出现提示信息：这一步完成自动添加gasteiger电荷(修改原子类型)、合并非极性的H原子和检查结构的可扭转键。(在预览窗里结构的H数量减少)

检查配体分子的所有扭转键,调整可旋转键的位置和个数，方便之后查找配体的不同构象（半柔性对接）：

Ligand-->Torsion Tree--> Detect Root （预览窗里结构出现一个绿色的小球表示这个结构的中心root）

Ligand-->Torsion Tree--> Choose Torsion （结构预览窗里不可扭转的键为红色，可扭转的键为绿色，表示酰胺键的粉色）

按住shift键，对粉色键进行点击，可将其转变为绿色的可旋转键，对绿色键可以做这个操作，红色键不行。

修改满意后，弹窗内点击Done确定

对配体分子保存为pdbqt文件：

Ligand-->Output-->Save as PDBQT进行pdbqt文件保存

4.导入受体和配体的pdbqt文件：

选择Grid-->Macromolecule-->Open.. 打开准备好的受体的pdbqqt文件，对弹出选择Yes

选择Grid-->Set Map Types-->Open Ligand.. 打开准备的配体的pdbqt文件

方便识别，修改受体和配体的显示方式：

 受体以二级结构的形式展现，配体以键线式展现：

5.设置工作盒子

选择Grid-->Grid Box.. 在预览窗里出现一个三色盒子，在弹窗来修改盒子的3轴，让盒子包围受体和配体，也可以只是包围配体和活性位点

将小分子拖到盒子外

选择DejaVu GUI 打开新弹窗：

在上面的红框内，取消mouse transforms apply to "root" object only 选择

点击下方红框内的ligand将指定鼠标的操作对象

在上方红框内， 我们知道鼠标左键进行旋转，右键进行移动，滑轮进行缩放。

右键预览窗里配体移出盒子

原先取消mouse transforms apply to "root" object only 重新勾选，关闭弹窗

6.保存调整好的盒子为gpf文件：

在Grid窗口内选择File-->Close saving current

选择Gird-->Output-->Save GPF..进行文件命名和保存

选择run--Run AutoGrid 打开新的弹窗

 保证Working Directoory(wd)是我们的工作目录（由于工作目录里夹了Program File，结果计算弹窗闪退,...）

在Parameter Filename选择wd里的保存的gpf文件，会在下面的Log Filename建立同名glg文件

最后点击Launch，出现新的计算弹窗，耐心等待弹窗自动消失。

在wd下蹦出很多*.map文件

7.进行分子对接计算，结果查看和保存：

选择大分子受体：

 由于我们进行半柔性对接，所以作为受体的大分子是刚性的（Rigid）

选择配体小分子：

 选择作为对接配体的pdbqt文件，弹窗中选择accept

选择合适算法：

Docking-->Search Parameters -->Genetic Algorithm -->打开的弹窗中选择Accept

Docking-->Docking Parameters-->打开的弹窗里选择Accept

Docking-->Output-->Lamarckian GA 4.2,,-->定义dpf文件名，作为对接结果的保存文件

运行Dock计算：

Run-->RunAutoDock-->弹窗里确保工作目录正确，brower定义的dpf文件，选择launch

同样等待弹窗自动消失。

查看计算完成得到的对接构象：

Analyze-->Dockings-->Open...,打开计算完成的dlg文件,读取获取的前10个对接构象

Analyze-->Macromolecule-->Open..自动打开对应的受体大分子

Analyze-->Conformations-->Played,ranked  by energy...，打开一个播放10个构象的弹窗

①点击播放10个构象，构象的顺序是按结合能从小到大排列

②点击打开查看H键等信息的弹窗 

 ①查看该构象结合能的大小和各个能量的贡献和形成H键的个数和对应的残基原子

②勾选后在结构显示窗里可视化H键

对对接结果进行保存：

①选择第一个对接结果，该将结果的结合能最小

②点击该按钮，出现如图的Set Play Options弹窗

③点击Write Complex按钮，对第1个对接构象保存为pdbqt文件

参考视频：

2分子对接完整步骤_哔哩哔哩_bilibili