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  • 重复的DNA序列[hash判定重复+滑动窗口+二进制编码之位运算]


    二进制之位运算

    • 前言
    • 一、"重复" 的DNA序列
    • 二、hash配重复 + 二进制编码
      • 1、hash寻找重复
      • 2、二进制编码之位运算练习
    • 总结
    • 参考文献

    前言

    判定数组中重复的数字时,可用hash记录;把数组变成字符串,判定字串是否重复时,可hash记录滑动窗口中的字串;但是字符串的hashcode获取可是要扫描字符串,而Character/Integer是直接获取原值作为hashcode(hashcode需要干扰之后作为hash值。),所以当字串字符进行二进制编码,让字符串映射到数值,快速获取hashcode.

    一、“重复” 的DNA序列

    二、hash配重复 + 二进制编码

    在这里插入图片描述

    1、hash寻找重复

    public List<String> findRepeatedDnaSequences(String s) {
            int n = s.length();
    
            Set<String> pool = new HashSet<>();
            Set<String> ans = new HashSet<>();
    
            for(int i = 0;i < n - 9;i++){
                String str = s.substring(i,i + 10);
                if(pool.contains(str) && !ans.contains(str)) ans.add(str);
    
                pool.add(str);
            }
            return new ArrayList<>(ans);
        }
    
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    2、二进制编码之位运算练习

    package everyday.bitManipulation;
    
    import java.util.ArrayList;
    import java.util.HashMap;
    import java.util.List;
    import java.util.Map;
    
    // 重复的DNA序列。
    public class FindRepeatedDnaSequences {
        /*
        由于获取字符串的hashcode需要扫描整个字符串,所以可将少量字符串编码,即为了10子串的编码。
         */
        public List<String> findRepeatedDnaSequences(String s) {
            int n = s.length();
            List<String> ans = new ArrayList<>();
    
            if (n <= L) return ans;
            // 初始化前9个数。
            int x = 0, i = 0;
            while (i < L - 1) x = x << 2 | fx.get(s.charAt(i++));
            // 开始用滑动窗口拿子串的integer编码作为hash的key
            Map<Integer, Integer> cnt = new HashMap<>();
            while (i < n) {
                x = (x << 2 | fx.get(s.charAt(i))) & (1 << L * 2) - 1;
    
                cnt.put(x, cnt.getOrDefault(x, 0) + 1);
    
                if (cnt.get(x) == 2) ans.add(s.substring(i - L + 1, i + 1));
    
                ++i;
            }
            return ans;
        }
    
        final static int L = 10;
        static Map<Character, Integer> fx = new HashMap<>();
    
        static {
            fx.put('A', 0);
            fx.put('C', 1);
            fx.put('G', 2);
            fx.put('T', 3);
        }
    }
    
    
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    总结

    1)二进制编码不仅可为字符串编码,常见的还有子集场景中,二进制映射到子集;二进制还可以将0/1 hash降维,比如一个值可以代替31位0-1hash,对付26个字母等绰绰有余。
    2)二进制/位运算很重要,多练习,对很多问题优化有帮助。
    3)字符串的hashcode获取不是O(1),而是O(n),字符/整数是O(1).

    参考文献

    [1] LeetCode 187.重复的DNA序列

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  • 原文地址:https://blog.csdn.net/qq_43164662/article/details/126016587
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