CADD课程学习（8）-- 化合物库虚拟筛选（Virtual Screening）

PyRx：基于AutoDock的虚拟筛选软件

虚拟筛选

虚拟筛选，也称计算机筛选，即在进行生物活性筛选之前，在计算机上对化合物分子进行预筛选，以降低实际筛选化合物的数目，同时提高先导化合物的发现效率

PyRx：安装好PyRx后，需要把之前安装好的autodock4.exe 和autogrid4.exe 两个文件找贝到PyRx安装目录下，才能保证PyRX在本地的顺利运行。

PyRx虚拟筛选关键步骤：

1. 利用AutoDock Wizard准备受体格点文件
2. 利用Open Babel准备配体小分子
3. 利用Vina Wizard进行虚拟筛选
4. 虚拟筛选结果分析
   

PyRx虚拟筛选关键步骤：

1. 利用AutoDock Wizard准备受体格点文件





2. 利用Open Babel准备配体小分子

保存结果

4.虚拟筛选结果分析
也可在以下目录找到虚拟筛选结果，pdbgt格式文件可导入Pymol
C:\Users\Administrator.mgltools\PyRx\Macromolecules\1EP_pra

练习：

从PDB数据库中下载1IEP晶体复合物，并用下载一个小分子库文件（自己构建或者ZINC下载），利用PyRX完成虚拟筛选实践，并对结果进行分析。

其他人总结

如果配体分子小而蛋白质分子很大，不确定小分子在哪里对接时，放大格子进行盲对接，配体小分子可能在蛋白质多个地方对接，就用1.MOE寻找位点；
2.聚类分析对对接的结果进行评价；
3.查找文献寻找重要氨基酸进行对接；
4.用虚拟筛选评价小分子库的对接结果

补充内容

文件sdf,df，mod2格式文件包含多个分子吗，如何拆分单个分子

vina_split.exe --input a.pdbqt