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CADD课程学习（7）-- 模拟靶点和小分子相互作用 （柔性对接 AutoDock）
CADD课程学习（7）-- 模拟靶点和小分子相互作用 （柔性对接 AutoDock）
半柔性对接VS柔性对接
半柔性
- A utodockTools配体、受体文件准备：
①删水加H原子、加电荷、合并非极性氢、设置配体可旋转键；
②保存lig.pdbqt和rec.pdbqt； - AutoGrid格点计算：
①选择rec.pdbqt，设置探针原子类型，设置盒子大小和位置；
②保存dock.gpf运行AutoGrid程序计算格点，输出dock.glg； - AutoDock对接计算：
①选择lig.pdbqt和rec.pdbqt，设置构象搜索；
②保存dock.dpf，运行AutoDock程序计算格点，输出dock.dlg；
柔性 - Autodock Tools配体、受体文件准备：
①删水加H原子、加电荷、合并非极性氢、设置配体可旋转键；
②保存lig.pdbqt、rec rigid.pdbqt和rec_flex.pdbqt； - AutoGrid格点计算：
①选择rec_rigid.pdbqt，设置探针原子类型，设置盒子大小和位置；
②保存dock.gpf，运行AutoGrid程序计算格点，输出dock.glg；工 - AutoDock对接计算：
①选择lig.pdbqt、rec rigid.pdbqt和rec_flex.pdbqt设置受体柔性残基可旋转键，设置构象搜索；
②保存dock.dpf，运行AutoDock程序计算格点，输出dock.dlg
生成格点：.\autogrid4.exe -p .\dockflex.gpf
命令行：.\autodock4.exe -p .\dockflex.dpf
- A utodockTools配体、受体文件准备：
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- 原文地址：https://blog.csdn.net/weixin_42486623/article/details/125625967