任意旋转图像:对准图像的任意处点住鼠标左键然后移动鼠标
放大/缩小图像:对准图像的任意处点住鼠标右键然后移动鼠标(向上是缩小,向下则是放大)
移动图像:对准图像的任意处点住鼠标中键或者滚轮,然后移动鼠标命令行输入:fetch 1lEP
从PDB数据库网站下载晶体结构1lEP,在pymol打开
Step8:鼠标单击对象1iep,暂时不显示卡通;操作界面单击鼠标右键,弹出框中选中center(vis),使对象obj01居中显示
Step9:操作对象1iep_pol_conts.改变氢键颜色(Color-reds-red)
绿色棍状显示的是伊马替尼,周围是有相互作用的氨基酸,红色小球是水分子,为更好地查看相互作用,需进一步操作
Step10:选中配体周围有氢键作用的氨基酸,显示为棍状(Show-sticks;Label-residues)
Step11:操作对象obj01,隐藏其余氨基酸(Hide-Lines)
可设置水分子显示大小:
(Setting-Edit All,调出设置框,将nb_spheres_size的大小改为0.4, 按回车键)选中配体周围氨基酸,统一显示颜色,操作sele对象:
(Color-by element一这里选第五种颜色)
从图中看到:
如何得到一张精美的结合模式图呢?
3. 隐藏氨基酸中没有参与相互作用的主链或侧链:选中氨基酸,操作对象sele(Hide-main chain或side chain;Hide-label)
4. 操作对象liep,改变卡通样式(Color-blues-lightblue)
5. 鼠标调整角度,使能够清楚显示靶点药物相互作用
setting-cartoon-smooth-loops
我们调整了角度能够清楚的观察到靶点药物相互作用,那如何导出图片呢?