基因家族特征分析 - 染色体定位分析

1 染色体定位分析概念

  染色体定位分析是将基因家族成员在染色体上的位置标注出来，观察基因家族成员在染色体上是否成簇分布。

2 分析工具

2.1 MG2C(MapGene2Chromosome)

  MG2C是在线分析工具，网址如下：

http://mg2c.iask.in/mg2c_v2.0/
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2.1.1 输入文件

  在页面上方有两个对话框，左边填入4列以制表符分隔的矩阵，从左到右，以此为：GeneID、起始位置、终止位置和染色体号，这些数据可由组装到染色体水平的注释文件得到。

2.1.2 输出结果

  点击DRAW按钮，就可绘图，生成图片可以导出为.svg格式，后续再利用Ai进行修改。

2.1.3 参数修改

  绘制的图片中，染色体id的字体、字号等细节通过页面左方的选项框进行修改。

2.2 TBtools

  TBtools是功能强大的图形化操作的基于Windows、Mac操作系统开发的生信分析软件，下方是文献引用的GB/T 7714格式。

Chen C, Chen H, Zhang Y, et al. TBtools: an integrative toolkit developed for interactive analyses of big biological data[J]. Molecular plant, 2020, 13(8): 1194-1202.
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  文献的DOI为https://doi.org/10.1016/j.molp.2020.06.009

  选择菜单栏的Graphics，再选择下拉选项框中的Show Genes on Chromosome，选择Gene Location Visualize from GTF/GFF。

2.2.1 输入文件

1. .gff注释文件；
2. 想要展示的Gene，保存着基因ID的单列矩阵（基因ID是可以与gff文件第九列GeneID对应的）；
3. 重复基因对，保存着基因ID的两列以制表符分隔的矩阵（每一行的这两个基因序列是基本一致的，即同一个基因在染色体上出现了两次拷贝）；
4. Gene重命名，将gff注释文件中GeneID修改为自己想要的名字，制表符分隔的两列矩阵；
5. 基因颜色，保存着制表符分隔的两列矩阵，第一列为Gene重命名，第二列是十进制的颜色代码；
6. 染色体上基因密度的文件，通过TBtools的Sequence Toolkit菜单栏下的GFF3/GTF Manipulate选项栏下的Gene Density Profile功能，传入.gff文件，修改划分染色体的bin的大小即可生成。

  上述6个文件中，1和2是必须的，3-6是可选的。

2.2.2 输出结果

  生成结果如上图所示，可以在该窗口下，修改染色体宽度、图片展示的比例等等，点击下方的Save Graph，根据自己的需要生成.png、.jpg、.svg等格式。

2.2.3 最终结果

  再用Ai加个图例，标注不同的颜色对应的基因密度就很完美了。