R统计绘图-随机森林分类分析及物种丰度差异检验组合图

此文主要涉及随机森林组间变量重要性和物种丰度差异检验绘图，包含以下几部分内容：

1）随机森林分类；

2）随机森林分类变量重要性绘图；

3）物种丰度差异检验绘图

4）随机森林分类变量重要性及物种丰度差异组合图

1. 数据准备

此处使用包含分类信息的虚构微生物otu数据，用于构建随机森林分类模型。

# 1.1 导入数据
setwd("D:\\EnvStat\\公众号文件\\随机森林分析") # 设置工作路径
##后续合并数据表时，物种名必须一样，
##所以导入的数据表尽量不要有特殊符号。
#dir()
#file.show("otu.csv")
otu = read.csv("otu.csv",row.names = 1,header = TRUE,check.names = FALSE,stringsAsFactors = FALSE) # 微生物组数据
dim(otu)
head(otu)

图1|原始otu表，otu.csv。前两列为分类信息，后面分析只使用depth分类信息。