【茗创科技】最酷的脑功能连接图--Circos安装教程

大家好，这里是 “茗创科技” 。茗创科技专注于脑科学数据处理，涵盖（EEG/ERP, fMRI,结构像,DTI,ASL, ,FNIRS）等，欢迎留言讨论及转发推荐，也欢迎了解茗创科技的脑电课程，数据处理服务及脑科学工作站销售业务，可添加我们的工程师（MCKJ-zhouyi或17373158786）咨询。

你还在用这些方式呈现脑功能连接图吗？

这样？

 

这样？

 

或者这样？

 

想知道如何让自己绘制的功能连接图更好看，在一众论文中脱颖而出，吸引审稿人的目光吗？想把自己从审美疲劳中解放出来，画出像下面这样的图吗？

 

那么就必须提到今天的主角——绘图软件Circos，以圈图形式清晰明了的展示两个脑区之间的连接；灵活性强，可以任意加载数据；颜色亮丽。Circos是如此美丽又强大，却因为安装门槛高劝退了无数心动的研究者，今天就以最最最小白的视角，逐步教大家安装Circos。

Circos简介

官网地址：http://circos.ca/

Circos是一款基于perl开发，起初是用于基因组数据可视化的软件，逐渐衍生到其他领域。作为一款免费软件，它可以轻易地根据纯文本的配置文件，将用户数据的输入数据转化为像素图或者矢量图。

1.下载并解压好安装包

①可从官网下载：

http://circos.ca/software/download/

②或在茗创公众号后台回复‘circos’获取本次示例全部软件包及模块。

2.安装 Strawberry Perl 或者 ActiveState Perl

①通过官网下载：http://www.perl.org

②解压后，双击circos_install_windows文件夹中的strawberry-perl-5.28.1.1-64bit.msi 进行安装

 

③勾选后点击next

 

④记住自己的安装路径，点击next

 

⑤Install

 

⑥点击Finsh安装完成

 

注意：整个circos_install_windows文件夹，需要将它放到刚刚安装perl的所在盘。比如Perl安装在C盘，则将circos_install_windows文件夹移到C盘，其安装情况以此类推。（以第④步图中安装路径为例，strawberry文件夹和circos_install_windows文件夹并列在C盘中）

按“WIN+R”键打开运行面板，输入cmd，点击确定；

 

或者直接搜索cmd打开；

 

出现以下界面：

 

然后在控制台cmd中输入测试命令：perl -v，如果能正确输出版本信息，则说明安装成功。

 

3.配置好相应Perl module模块

Config::General (v2.50 or later)

Font::TTF

GD

List::MoreUtils

Math::Bezier

Math::Round

Math::VecStat

Number::Format，再安装 Statistics::Basic)

Params::Validate

Readonly

Regexp::Common

Set::IntSpan (v1.16 or later)

Text::Format

Statistics::Basic（要在已经安装好Number::Format的前提下安装）

SVG

（1）配置方法：（以Config::General为例）

①在cmd中进入Config::General文件夹。

在cmd中输入：cd Config::General文件夹所在路径（cd和路径之间有空格）；回车。

 

②输入perl Makefile.PL

 

③再输入gmake

 

④再输入gmake test

 

⑤再输入gmake install

 

安装完毕，接下来依次安装好（除上文标黄Params::Validate和Readonly以外的）剩余模块。

（2）Params::Validate和Readonly配置方法：（以Params::Validate为例）

①在cmd中进入Params::Validate文件夹。

在cmd中输入：cd Params::Validate文件夹所在路径（cd和路径之间有空格）；回车。

 

②输入perl Build.PL

 

③再输入Build

 

④再输入Build test

 

⑤再输入Build install

 

依次安装好Params::Validate和Readonly模块。

4.使用circos的示例测试是否安装成功

①在cmd中进入circos下的example文件夹

在cmd中输入：cd example文件夹所在路径（cd和路径之间有空格）；回车。

 

②输入perl ..\bin\circos -conf .\etc\circos.conf

 

（这一步运行时间较长，为正常现象，无需担心哦~）

③如果在当前路径（example文件夹）下生成了如下circos.png及circos.svg文件则表示安装成功。

 

关于cmd切换当前路径须知:

如果在同一个盘内（如，从C盘a文件夹切换至C盘b文件夹），则输入cd C:\b

（cd和C:\b之间有空格）

 

如果不在一个盘内（如，从F盘a文件夹切换至C盘b文件夹），则输入cd /d C:\b

（cd与/d之间、/d与C:\b之间有空格）

 

注意：安装某些模块时可能会出现skipped/系统找不到指定路径等，不影响后续安装则继续操作，安装好所有模块后测试示例，能正常出图即可；

如果无法正常出图，检查每次的操作、路径是否正确等。

在 茗创科技 公众号后台回复‘circos’，可获取本次示例全部软件包及模块。

文章来源于微信公众号（茗创科技），欢迎有兴趣的朋友搜索关注。