第四次考核 Jimmy 学徒考核 Linux安装软件 rnaseq上游分析

1 首先需要 参考 在全新服务器配置转录组测序数据处理环境

修改命令行配色 颜色 

echo  'export PS1="\[\033]2;\h:\u \w\007\033[33;1m\]\u \033[35;1m\t\033[0m \[\033[36;1m\]\w\[\033[0m\]\n\[\e[32;1m\]$ \[\e[0m\]"' >> ~/.bashrc
source  ~/.bashrc

添加命令 

export PATH=$PATH:/path/to/bwa-0.7.12/bin # Add bwa to your PATH by editing ~/.bashrc file (or .bash_profile or .profile file) 

在全新服务器配置转录组测序数据处理环境

1.1 配置conda环境  配置conda下载环境

# 首先下载文件，20M/S的话需要几秒钟即可
wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
# 接下来使用bash命令来运行我们下载的文件，记得是一路yes下去
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 
#  安装成功后需要更新系统环境变量文件
source ~/.bashrc
 
 
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes 
 
 
#以下这里的代码不要全部复制然后运行  需要一步步运行与安装 防止出错！！！！！！！！！
conda create -n download 
conda activate download 
conda install -y -c hcc aspera-cli
conda install -y -c bioconda sra-tools
which ascp 
## 一定要搞清楚你的软件被conda安装在哪
ls -lh ~/miniconda3/envs/download/etc/asperaweb_id_dsa.openssh

 1.2 配置rna转录组环境

首先使用conda 安装rna环境，然后在环境里面的安装这几个软件：
 
conda create -n rna 
conda activate rna  
conda install  -y -c bioconda fastqc trim-galore hisat2 subread
conda install  -y -c bioconda salmon # salmon-0.14.2 
conda install  -y -c bioconda samtools # samtools-1.6  
 
# 如果是 STAR-Fusion 看融合基因，RNA编辑位点 
# 可能性需要为 STAR-Fusion  专门的设置一个conda小环境，它毕竟特殊。
安装成功后再运行上面的代码进行检查，看看是否每个软件安装成功。
 
 
主要是4个软件，如果安装成功后，下面的代码不会有error信息的：
fastqc --help 1>/dev/null
trim_galore --help 1>/dev/null
hisat2 --help 1>/dev/null
featureCounts --help 1>/dev/null

1.3 下载并且整理数据库文件

mkdir -p $HOME/pipeline/rna 
cd $HOME/pipeline/rna 
wget -c -i url.txt 
ls *gz |xargs gunzip
 
 
touch url.txt
 
vim
https://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/gencode/Gencode_human/release_41/gencode.v41.annotation.gtf.gz
https://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/gencode/Gencode_human/release_41/gencode.v41.transcripts.fa.gz  
https://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/gencode/Gencode_human/release_41/GRCh38.p13.genome.fa.gz  
https://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/gencode/Gencode_mouse/release_M30/ge