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OPLSAA力场参数之快速建模—MS+Moltemplate
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建模篇（上）：OPLSAA力场参数之快速建模—MS+Moltemplate
建模篇（下）力场快速设置-AoToFF+Moltemplate
MS+Moltemplate
本文介绍采用 $\rm Materials\ Studio$ 的建模方法构建单体分子，采用 $\rm Moltemplate$ 进行阵列构成结构。

一、MS中画出分子结构

在MS中画出自己需要的分子结构。当然也可以从其他渠道获得PDB文件，读取到MS中。

二、根据OPLSAA力场文件设置原子力场

 1. OPLSAA力场

我们可以看到OPLSAA力场文件中，每一种原子对应以数字为编号的TYPE。我们根据自己的原子结构找到对应的TYPE编号。

OPLSAA文件下载
链接：请点击
提取码：1x9o

2. 根据OPLSAA力场中的原子质量进行检查

 3. 在MS中设置为对应的原子编号

 三、转换为Lammps可以读取的Data文件

这里采用Lammps目录下的小程序： $\rm ./lammps/tools/msi2lmp.exe$

根据手册执行命令，这里不再赘述（注意，测试的data文件为 $\rm test.data$ ）

四、采用Moltemplate自带工具生成Lt文件

 1. 生成LT文件

Moltemplate官网链接

手册中 $P 64$ 页给出了详细介绍

所以这里我们直接运行就行：（再次注意这里的只需要我们刚才生成的 $\rm test.data$ 文件）

2. LT文件结构

运行后生成对应的 $\rm LT$ 文件： $\rm Mol.lt$

五、引入OPLSAA力场并运行Moltemplate

1. 运行Moltemplate
```
Moltemplate.sh system.lt
1
```
2. 生成对应的力场文件
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