biopython--PDB.polypepide

Bio.PDB.Polypeptide.index_to_one(index)：

已知氨基酸索引，获得索引对应的氨基酸简写

>>> index_to_one(0)
'A'
>>> index_to_one(19)
'Y'

---

Bio.PDB.Polypeptide.one_to_index(s)：

已知氨基酸简写，获得氨基酸的索引

>>> one_to_index('A')
0
>>> one_to_index('Y')
19

---

---

Bio.PDB.Polypeptide.index_to_three(i)

索引对应的三个字母的氨基酸名称。

>>> index_to_three(0)
'ALA'
>>> index_to_three(19)
'TYR'

---

Bio.PDB.Polypeptide.three_to_index(s)

索引的三个字母代码。

>>> three_to_index('ALA')
0
>>> three_to_index('TYR')
19

---

---

 Bio.PDB.Polypeptide.three_to_one(s)

三个字母代码对应一个字母代码。

>>> three_to_one('ALA')
'A'
>>> three_to_one('TYR')
'Y'

对于非标准氨基酸，您会得到一个KeyError：

>>> three_to_one('MSE')
Traceback (most recent call last):
   ...
KeyError: 'MSE'

---

Bio.PDB.Polypeptide.one_to_three(s)

一个字母代码到三个字母代码。

>>> one_to_three('A')
'ALA'
>>> one_to_three('Y')
'TYR'

---

---

Bio.PDB.Polypeptide.is_aa(residue, standard=False)

如果残基对象/字符串是氨基酸，则返回True。

参数:

• residue (L{Residue} or string) -- L{残基}对象或三个字母的氨基酸编码

• standard (boolean) -- 检查20个AA的标志(默认值为FALSE)

>>> is_aa('ALA')
True

支持已知的用于修饰氨基酸的三个字母代码，

>>> is_aa('FME')
True
>>> is_aa('FME', standard=True)
False

---

---

简单处理蛋白质的所用到的就是这些！！！

日后有用到别的继续补充！！：）：）