生信基因序列比对相关软件安装fastqc、hisat2、samtools；GATK docker安装

本文章ubuntu环境下安装:
流程：
fastq格式处理==》sam格式比对结果==》bam格式（二进制sam）

1、fastqc 基因测序reads质量检测

sudo apt-get install fastqc

##或conda形式安装：
conda install -c bioconda fastqc
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查看安装：
fastqc --version

2、hisat2 序列比对

sudo apt-get install hisat2

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2

查看安装：
hisat2 --version

其他比对软件bowtie2、bwa

sudo apt-get install bowtie2 

sudo apt-get install bwa
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3、samtools

高通量测序数据处理，sam、bam格式