辽东楤木的高质量参考基因组组装和遗传转化体系开发

文章信息

题目：A High-Quality Reference Genome Sequence and Genetic Transformation System of Aralia elata

刊名：Frontiers in Plant Science

作者：Wenxuan Liu, Xiangling You et al.

单位：Northeast Forestry University

日期：2022 Mar 1‍

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摘要

 

辽东楤木是五加科楤木属多年生木本植物。它含有丰富的皂苷，因此具有广泛的药理作用。在这里，我们报道了一个高质量的A. elata参考基因组，其基因组大小为 1.21 Gb，contig N50 为 51.34 Mb，由 PacBio HiFi 测序技术生产。这是龙牙属的第一个基因组数据。通过基因组进化分析，我们探索了A. elata基因组中的系统发育和全基因组复制 (WGD) 事件。通过分析A. elata的基因组序列并结合三个组织的转录组数据，我们发现了与三萜皂苷生物合成相关的重要基因。此外，我们以本实验室建立的黄曲霉胚胎愈伤组织诱导系统为基础，建立了该植物的遗传转化系统。本研究获得的基因组资源和遗传转化体系，为深入了解A. elata提供了新思路，为进一步探索A. elata调控机制奠定了基础。
 

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技术路线

 

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主要结果

 

3.1 基因组测序、组装和注释

为了研究A. elata的基因组特征，进行了 17、21、25和 27的 K -mer 分布分析（图 1A; 补充图 1 )&#