ChIP-Seq，MeRIP-seq峰（peak），eccDNA等染色体分布可视化

          1，打开染色体分布绘图页面

首先，使用浏览器（推荐chrome或者edge）打开染色体分布绘图页面。左侧为常见作图导航，中间为数据输入框和可选参数，右侧为描述和结果示例。也可以在主页搜索框中搜索chromosome，找到绘图页面。

https://www.bioinformatics.com.cn/plot_basic_up_down_gene_chromsome_distribution_plot_095

图2.染色体分布绘图页面

2，示例数据

点击右侧“示例数据”链接下载excel格式的示例数据。

图3. 输入数据示例

示例数据（仅供参考）包括两组，即最多绘制染色体上面和下面两组数据：

第1列是染色体号，去掉了chr

第2列是基因组坐标，对于小片段来说，起始坐标，终止坐标及中点坐标在染色体尺度上基本没有区别，因此，这里可以直接使用获得的peak的中点坐标。

3，粘贴示例数据

直接复制示例数据中的up两列数据，和down两列数据（可选），分别粘贴到输入框。

注意：不是拷贝excel文件，是拷贝excel文件里边的数据。另外粘贴到输入框后，格式乱了没关系，只要在excel中是整齐的就行。并且数据矩阵中不能有空的单元格，中文字符等。

图4.输入

4，修改参数，并提交
我们设置了图片尺寸，颜色，物种，字体等参数。

图5.可调参数

5，提交出图

粘贴好输入数据，调整好参数（或者全部默认）后，点击提交按钮，约 5 秒后，会在页面右侧出现预览图片。我们提供了4种图片格式供下载使用，两种矢量图（pdf，svg）和两种标量图（6 00 dpi tiff和3 00 dpi png）。

图6.预览与下载

图中红色为数据1，例如上调peak；蓝色为数据2，例如下调peak。

没有预览就是没有出图，这时请参考示例数据，检查自己输入数据的格式。

遇到文字截断，需要修改字体、调整字体大小等，。

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