python2安装biopython

下载pip2

[root@node ~]# curl https://bootstrap.pypa.io/pip/2.7/get-pip.py -o get-pip2.py
  % Total    % Received % Xferd  Average Speed   Time    Time     Time  Current
                                 Dload  Upload   Total   Spent    Left  Speed
100 1863k  100 1863k    0     0  2234k      0 --:--:-- --:--:-- --:--:-- 2234k

安装pip2

[root@node ~]# python2 get-pip2.py 
DEPRECATION: Python 2.7 reached the end of its life on January 1st, 2020. Please upgrade your Python as Python 2.7 is no longer maintained. pip 21.0 will drop support for Python 2.7 in January 2021. More details about Python 2 support in pip can be found at Release process - pip documentation v22.3.dev0 pip 21.0 will remove support for this functionality.
Collecting pip<21.0
  Downloading pip-20.3.4-py2.py3-none-any.whl (1.5 MB)
     |████████████████████████████████| 1.5 MB 1.1 MB/s 
Collecting setuptools<45
  Downloading setuptools-44.1.1-py2.py3-none-any.whl (583 kB)
     |████████████████████████████████| 583 kB 13.3 MB/s 
Collecting wheel
  Downloading wheel-0.37.1-py2.py3-none-any.whl (35 kB)
Installing collected packages: pip, setuptools, wheel
Successfully installed pip-20.3.4 setuptools-44.1.1 wheel-0.37.1

安装biopython

[root@node ~]# pip2 install biopython
DEPRECATION: Python 2.7 reached the end of its life on January 1st, 2020. Please upgrade your Python as Python 2.7 is no longer maintained. pip 21.0 will drop support for Python 2.7 in January 2021. More details about Python 2 support in pip can be found at Release process - pip documentation v22.3.dev0 pip 21.0 will remove support for this functionality.
Collecting biopython
  Downloading biopython-1.77.tar.gz (16.8 MB)
     |████████████████████████████████| 16.8 MB 319 kB/s 
    ERROR: Command errored out with exit status 1:
     command: /usr/bin/python2 -c 'import sys, setuptools, tokenize; sys.argv[0] = '"'"'/tmp/pip-install-tj9BY1/biopython/setup.py'"'"'; __file__='"'"'/tmp/pip-install-tj9BY1/biopython/setup.py'"'"';f=getattr(tokenize, '"'"'open'"'"', open)(__file__);code=f.read().replace('"'"'\r\n'"'"', '"'"'\n'"'"');f.close();exec(compile(code, __file__, '"'"'exec'"'"'))' egg_info --egg-base /tmp/pip-pip-egg-info-doEQsw
         cwd: /tmp/pip-install-tj9BY1/biopython/
    Complete output (1 lines):
    Biopython requires Python 3.6 or later. Python 2.7 detected.
    ----------------------------------------
ERROR: Command errored out with exit status 1: python setup.py egg_info Check the logs for full command output.

提示biopython不支持python2.7

安装python3

yum install python3

安装python3-biopython

pip3 install biopython

验证版本

[root@node ~]# python3
Python 3.6.8 (default, Nov 16 2020, 16:55:22) 
[GCC 4.8.5 20150623 (Red Hat 4.8.5-44)] on linux
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import Bio
>>> print (Bio.__version__)
1.79
>>>