miRanda-通过circRNA的sequence来预测靶向的miRNA

1、下载及安装

wget http://cbio.mskcc.org/microrna_data/miRanda-aug2010.tar.gz #获取“miRanda-v3.3a”源码包

#解压并进入源码包

tar -xzvf miRanda-aug2010.tar.gz

cd miRanda-3.3a

#生成Makefile文件

./configure

#使用bioconda下载，前提是你安装了这个软件，也可以根据我参考的文章中安装

conda install -c bioconda miranda

miranda –version #查看是否下载成功

miranda -h #查看使用说明

2、使用

miranda human_mature_mir_seq.fa test.fa > miRNA_targeted_prediction1.txt

grep '>' miRNA_targeted_prediction1.txt > miRNA_targeted_prediction_v1.txt

3、circRNA与MiRNA靶标预测

下载MiRNA（数据库：miRBase的官网http://www.mirbase.org/）的人类所有的miRNA的fasta文件hsa_miRNA.fa

然后点击browse然后点击expand all然后选择Homo sapiens然后再select sequence type这里选择 Mature sequence,接着点击select all，然后点击Fetch sequences就能得到人类所有成熟的miRNA的fasta文件了

miranda -sc 150 -en -7  hsa_miRNA.fa SFTSV_24vscontrol_circBase.fa >SFTSV_24vscontrol_circ_ miRNA_targeted_prediction.txt  #-sc指定序列比对打分的阈值，小于该阈值的结合位点会被过滤掉;-en指定自由能的阈值，结果必须小于该阈值才可以

从中提取出关键信息：

grep '>' SFTSV_24vscontrol_circ_miRNA_targeted_prediction.txt >SFTSV_24vscontrol_circ_miRNA_targeted_prediction_v1.txt

最后得到的文件即为circRNA有可能结合的靶miRNA,最后将结果输入cytoscape画ceRNA网络图。