CADD课程学习（7）-- 模拟靶点和小分子相互作用 （柔性对接 AutoDock）

半柔性对接VS柔性对接

半柔性

1. A utodockTools配体、受体文件准备：
   ①删水加H原子、加电荷、合并非极性氢、设置配体可旋转键；
   ②保存lig.pdbqt和rec.pdbqt；
2. AutoGrid格点计算：
   ①选择rec.pdbqt，设置探针原子类型，设置盒子大小和位置；
   ②保存dock.gpf运行AutoGrid程序计算格点，输出dock.glg；
3. AutoDock对接计算：
   ①选择lig.pdbqt和rec.pdbqt，设置构象搜索；
   ②保存dock.dpf，运行AutoDock程序计算格点，输出dock.dlg；
   柔性
4. Autodock Tools配体、受体文件准备：
   ①删水加H原子、加电荷、合并非极性氢、设置配体可旋转键；
   ②保存lig.pdbqt、rec rigid.pdbqt和rec_flex.pdbqt；
5. AutoGrid格点计算：
   ①选择rec_rigid.pdbqt，设置探针原子类型，设置盒子大小和位置；
   ②保存dock.gpf，运行AutoGrid程序计算格点，输出dock.glg；工
6. AutoDock对接计算：
   ①选择lig.pdbqt、rec rigid.pdbqt和rec_flex.pdbqt设置受体柔性残基可旋转键，设置构象搜索；
   ②保存dock.dpf，运行AutoDock程序计算格点，输出dock.dlg

生成格点：.\autogrid4.exe -p .\dockflex.gpf

命令行： .\autodock4.exe -p .\dockflex.dpf