LncACTdb 3.0：肿瘤ceRNA相作和个性化网络数据库

ceRNA（competing endogenous RNAs，竞争性内源RNA）是近几年的研究热点，已知microRNA可以通过结合mRNA导致基因沉默，而ceRNA可以通过竞争性地结合microRNA来调节基因表达。最常见的ceRNA为lncRNA和circRNA，其可以通过应答元件（MREs)与microRNA结合从而影响microRNA导致的基因沉默。相较于microRNA调控网络，ceRNA作为一种全新的基因表达调控模式，其更为精细和复杂，涉及更多的RNA分子。LncACTdb 3.0是一个综合性数据库，包含ceRNA种类和相应的个性化网络之间的相互作用。

数据库可访问地址：

http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/LncACTdb

http://www.bio-bigdata.net/LncACTdb

图1 LncACTdb 数据库用户界面

LncACTdb 3.0数据库增加了以下五个新功能：

（1）通过人工整理已发表的文献，增添5,669种经过实验验证的ceRNA相互作用，其中涉及25个物种和537种疾病；

（2） 从癌症基因组图谱(TCGA）和基因表达数据集（GEO）中收集了来自33种癌症类型的16,228名患者的62个高通量表达谱。确定了93,307项针对患者的ceRNA规定；

（3）提供了lncRNAs、miRNAs和mRNAs所有可能的亚细胞和细胞外囊泡位置；

（4） 收集了10000多个实验支持的与肿瘤转移（如复发、预后、循环和耐药）相关的lncRNA生物标志物；

（5）结合个性化ceRNA网络，将数千例患者lncRNA/mRNA/miRNA表达谱的整理以及转移、复发、耐药、预后等临床信息整合到Lnccactdb 3.0中，进行个体病理分析。

图2 LncACTdb 3.0的数据扩展和特性

图3  LncACTdb 3.0数据库研究示例和工作流程

总之，LncACTdb 3.0 将为进一步研究个体层面的复杂疾病提供新的见解，并将促进治疗此类疾病的精准医学的发展。

参考文献

LncACTdb 3.0: an updated database of experimentally supported ceRNA interactions and personalized networks contributing to precision medicine. Nucleic Acids Research, 2021.