• 怎么在r里导入自己下载的基因芯片数据


    关注 码龄 粉丝数 原力等级 -- 被采纳 被点赞 采纳率 weixin_65478672 2024-06-27 16:40 采纳率: 50% 浏览 3 首页/ 编程语言 / 已结题 怎么在r里导入自己下载的基因芯片数据 r语言 下载好一套基因芯片数据的CEL文件,放在了d盘文件夹里,该怎么在r里导入这一套基因芯片数据?比如用CLLbatch数据,用fitPLM函数,里面是用CLLbatch,怎么换成我自己的数据呢? 收起 写回答 好问题 0 提建议 追加酬金 关注问题 微信扫一扫 点击复制链接 分享 邀请回答 编辑 收藏 删除 收藏 举报 追加酬金 (90%的用户在追加酬金后获得了解决方案) 当前问题酬金 ¥ 0 (可追加 ¥500) ¥ 15¥ 20¥ 50¥ 100¥ 200 支付方式 扫码支付 二维码出错 点击刷新 支付金额 15 元 提供问题酬金的用户不参与问题酬金结算和分配 支付即为同意 《付费问题酬金结算规则》 结题 再想想 删除 再等等

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    • 码农阿豪@新空间代码工作室 Java领域优质创作者 2024-06-28 09:08
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      让阿豪来帮你解答,本回答参考chatgpt3.5编写提供,如果还有疑问可以评论或留言
      为了导入基因芯片数据,你可以先安装相关的R包,在R中使用相关函数进行导入。以下是具体步骤:
      1. 安装R包 在R中使用以下命令安装需要用到的包:
      install.packages("affy")
      install.packages("oligo")
      
      1. 导入CEL文件 使用affy包中的ReadAffy函数可以读取CEL数据,具体命令如下:
      library(affy)
      celFiles<-list.celfiles(path)
      data<-readAffy(celFiles)
      

      其中,path是CEL文件夹的路径,readAffy函数会将CEL文件读取并转化为ExpressionSet对象,该对象包含了原始数据以及相关信息。 3. 数据预处理 使用以下命令可以进行数据预处理:

      library(oligo)
      eset <- oligo::read.celfiles(list.celfiles(path))
      eset2 <- oligo::rma(eset, background=FALSE,normalize=TRUE, target=‘core’)
      

      该命令会进行rma规范化,以及背景校正,将数据转化为ExpressionSet对象,并去除掉控制区域混杂后,保留目标核心区域数据。 4. 使用PLM进行分析 首先,需要安装PLM包:

      install.packages("PLM")
      

      然后,根据自己的数据准备设计矩阵和响应变量,构建线性模型,最后进行分析:

      library(PLM)
      pmod<-makeModelMatrix(data)
      fit<-fitPLM(pmod,data$exprs)
      

      其中,makeModelMatrix用于构建设计矩阵,data$exprs是已处理好的ExpressionSet数据,fitPLM函数用于拟合出线性模型和分析。 以上是基因芯片数据导入和分析的基本步骤,具体根据数据类型和需求可以调整相应操作。

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  • 原文地址:https://ask.csdn.net/questions/8124727