空间转录组分析之细胞Niche（python）版本

作者，Evil Genius

其实关于细胞niche，之前已经分享了R版本的代码了，内容在

10X空间转录组数据分析之细胞niche

甚至还分享了关于分子niche的内容10X空间转录组数据分析补充之分子niche

分析代码拿到如下的结果：

但是我们还是需要更新python版本，因为python版本的的细胞niche与cell2location进行对接，用到了目前比较流程的NMF的方法，所以在分析内容上会丰富很多。

即使现在空间平台精度是不统一的，

但是空间的四大矩阵是逃不开的。

1、分子矩阵，gene X barcode，这是最开始大家拿到的矩阵
2、细胞矩阵，空间解卷积之后的矩阵，细胞 X Barcode
3、分子niche矩阵， 即分子生态位矩阵，主要研究分子微环境，包括邻域通讯等， gene X Barcode
4、细胞niche矩阵，即细胞生态位矩阵，主要用来研究细胞的空间排布，例如侵袭性的肿瘤细胞空间临近巨噬，所有细胞的空间排布形成了细胞niche矩阵.

在做细胞niche的时候，需要先进行单细胞空间的联合分析，推荐cell2location（python版本）

关于cell2location在空转系列课程上全部讲过了，大家回看视频就可以了，视频全放在B站了。

其中cell2cation可以拿到如下的分析结果

cell2location在平常的个性化项目分析中也是非常常用和推荐的，客户都非常认可。

进一步可以看通路的空间分布，空转打分的方法也在空转课程的系列视频中讲过了，大家会看就好，视频也在B站。