蛋白质相互作用

STRING数据库简介

• STRING是一个包含已知和预测蛋白质-蛋白质相互作用的数据库。
• 数据库涵盖了直接（物理）和间接（功能）相互作用。
• 包含来自实验仓库、计算预测方法和公共文本集合的多种证据来源。
• 覆盖超过2400万个蛋白质，涉及5090个生物体。
• 提供R包STRINGdb以方便用户从R访问数据库。

初始化STRINGdb对象

• 使用STRINGdb$new()函数实例化STRINGdb参考类。
• 可以指定STRING版本、分数阈值、网络类型和输入目录。
• 分数阈值默认为400，低于此阈值的交互不会加载到对象中。
• 网络类型可选“full”（全功能网络）或“physical”（物理子网络）。

STRINGdb的方法和帮助

• STRINGdb$methods()列出所有可用方法。
• STRINGdb$help(get_graph")显示特定方法的文档。

获取网络图形

• get_graph()返回整个STRING网络的igraph对象。
• 建议使用iGraph包的功能进行网络搜索和分析。

聚类分析

• 使用iGraph包的聚类算法

  • STRINGdb 包含了由 iGraph 提供的多种聚类或社区检测算法，包括：

    1. fastgreedy
    2. walktrap
    3. spinglass