1、检查用户及密码文件/etc/passwd、/etc/shadow 是否存在多余帐号，主要看一下帐号
后面是否是 nologin,如果没有 nologin 就要注意；
2、通过 who 命令查看当前登录用户（tty 本地登陆 pts 远程登录）、w 命令查看系统信息，想知道某一时刻用户的行为、uptime查看登陆多久、多少用户，负载；
3、修改/etc/profile的文件，在尾部添加相应显示时间、日期、ip、命令脚本代码，这样 输入history命令就会详细显示攻击者 ip、时间历史命令等；
4、用 netstat -antlp|more命令分析可疑端口、IP、PID，查看下 pid 所对应的进程文件路径，运行ls -l /proc/$PID/exe 或 file /proc/$PID/exe（$PID 为对应的pid 号）；
5、使用ps命令，分析进程 ps aux | grep pid
6、使用 vi /etc/inittab 查看系统当前运行级别，通过运行级别找到/etc/rc.d/rc[0~6].d对应目录是否存在可疑文件；
7、看一下crontab定时任务是否存在可疑启用脚本；
8、使用chkconfig --list 查看是否存在可疑服务；
9、通过grep awk命令分析/var/log/secure安全日志里面是否存在攻击痕迹；
10、chkrootkit、rkhunter、Clamav 病毒后门查杀工具对 Linux 系统文件查杀； 11、如果有 Web 站点，可通过 D 盾、河马查杀工具进行查杀或者手工对代码按脚本木马关键字、关键涵数（evel、system、shell_exec、exec、passthru system、popen） 进行查杀Webshell 后门。