Ubuntu 22.04.3 LTS中安装singularity

概要

这里主要记录singularity的安装和使用，安装过程中会出现相关的错误，所以目前主要是进行记录。

背景知识

什么是singularity ?

以下这篇blog介绍了singularity容器。
浅谈Singularity容器

安装流程

安装流程看了很多文章，但是主要是针对从下面的文章进行实践，其中也遇到了很多问题，并进行了解释。
在Linux系统下安装部署Singularity容器

Singularity容器的安装大致分为以下三个步骤：

• 安装Go
• 下载Singularity
• 编译Singularity源代码

1. 安装Go

Singularity v3 及以上版本主要用 Go语言 编写，所以需要安装Go才能进行源代码编译。目前可以查看官网链接,一般官网上展示的是最新版。

这里使用go1.21.3.linux-amd64.tar.gz
下载完成后解压到目标目录下，并设置相应的环境变量。

tar -xzvf go1.21.3.linux-amd64.tar.gz
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将环境变量设置为指向Go:PATH

echo 'export PATH=/go/bin:$PATH' >> ~/.bashrc &&\
source ~/.bashrc
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注意：如果之前系统中已经下载安装过go程序，需要将之前的删除或替换

go rm -r <PATH to go>/go
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2. 下载Singularity

从官网中下载任意一个版本Singularity,请查看Github的发布列表

"/>

因为我安装的ubuntu的系统是Ubuntu 22.04，其实更偏向于Ubuntu 22.04 (jammy)，但是不太懂，所以我没有试过这种，直接下载的就是singularity-ce-4.0.1.tar.gz，也成功了。
也可以下载其他版本

3. 编译Singularity源代码

现在你已经准备好构建Singularity了。依赖项将自动下载。您可以使用以下命令构建Singularity：

# 解压
tar -xvzf singularity-ce-4.0.1.tar.gz
# 进入singularity目录下
cd singularity
# 构建Singularity
./mconfig
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当执行上述命令后，可能会遇到下面情况
./mconfig出现下面错误：seccomp headers are required to build singularity with seccomp support

这个错误消息表明在构建Singularity时需要安装seccomp（安全计算）的头文件以启用seccomp支持。Seccomp是一个Linux内核的安全功能，可以用来限制进程对系统调用的访问，提高应用程序的安全性。
要解决这个问题，你可以按照以下步骤来安装seccomp的头文件：

sudo apt-get install libseccomp-dev
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重新运行./mconfig后出现新的错误：glib-2.0 header are required to build conmon

这个错误消息表明在构建 conmon 时需要安装 glib-2.0 的头文件。glib-2.0 是一个常见的C语言库，用于开发Linux应用程序，它提供了许多常用的功能和数据结构。
要解决这个问题，你可以按照以下步骤来安装 glib-2.0 的头文件：安装 glib-2.0 头文件：你需要使用包管理器来安装 glib-2.0 的头文件。

sudo apt-get install libglib2.0-dev
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重新运行./mconfig后出现新的错误：fuse/fuse3（libfuse/fuse3）header are required to build squashfuse

这个错误消息表明在构建 squashfuse 时需要安装 libfuse 或 libfuse3 的头文件，这是FUSE（Filesystem in Userspace）的库，用于支持用户空间文件系统的开发。要解决这个问题，你需要根据你的系统使用的FUSE版本来安装相应的头文件。
1。 安装 libfuse 头文件：
sudo apt-get install libfuse-dev

2。 安装 libfuse3 头文件：
sudo apt-get install libfuse3-dev
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再次运行mconfig就不再出现错误，会在当前builddir文件夹下出现makefile文件，之后继续singularity的编译

make -C builddir && \
sudo make -C builddir install
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需要注意的是Singularity需要在root用户下安装才能正常运行。

4. 验证安装是否成功

任何路径下直接：

singularity --version
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如果return 相关的version,则表明成功安装

查看具体的脚本，可以输入

singularity -h
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singularity的使用

Singularity容器常用命令

安装open structure

详细的安装说明

sudo singularity build ost.img Singularity
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note: 安装时间很长，请确定网络良好

使用：

singularity run --app OST ost.img -h
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比较refernece structure and predicted structure to obtain lddt:

singularity run --app OST ost.img compare-structures --model predicted.pdb --reference solution.pdb --output output.json --lddt

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小结

感谢上述各种blog的支持