fault-localization-data下载配置

一、rjust-fault-localization-data下载配置

Ubuntu 22.04.03、运行环境为：jdk1.7 、ant1.8. 、maven 3.8.

• 搭建环境步骤：

注意，根据自己实际下载的目录进行更改即可

tar -zxvf jdk-7u281-linux-x64.tar.gz
# 配置JDK环境变量
sudo vim /etc/profile
export JAVA_HOME=/home/ubuntu/jdk1.7.0_281
export PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin
export CLASSPATH=.:$JAVA_HOME/lib/dt.jar:$JAVA_HOME/lib/tools.jar
source /etc/profile
# 安装各工具
sudo apt-get install subversion
sudo apt-get install cpanminus
# 注意maven的版本必须要跟jdk1.7匹配
sudo apt-get install maven
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unzip rjust-fault-localization-data.zip && mv rjust-fault-localization-data fault-localization
# 【/home/ubuntu/fault-localization】
tar -zxvf defects4j-1.2.0.tar.gz && mv defects4j-1.2.0 defects4j
# 【/home/ubuntu/fault-localization/defects4j】
cpanm --installdeps .
	######################################
	# requires 'DBI',         '>= 1.63'; #
	# requires 'DBD::CSV',    '>= 0.48'; #
	# requires 'URI',         '>= 1.72'; #
	# requires 'JSON',        '>= 2.97'; #
	# requires 'JSON::Parse', '>= 0.55'; #
	# requires 'List::Util',  '>= 1.33'; #
	######################################
./init.sh
# 如果连外网速度过慢，可以手动初始化：例如repo部分
# 【/home/ubuntu/fault-localization/defects4j/project_repos】
unzip -q -u defects4j-repos.zip && mv defects4j/project_repos/* . && rm -r defects4j
# 环境变量(临时)
export PATH=$PATH:/home/ubuntu/fault-localization/defects4j/framework/bin
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• 手动配置安装位置（红色可自行下载）：
  

# 测试命令
defects4j info -p Lang
# 报错：Can't locate DBI.pm in @INC (you may need to install the DBI module)
tar -zxvf DBI-1.643.tar.gz && cd DBI-1.643/
perl Makefile.PL
make
make test
sudo make install
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• 注意需要安装maven，详细配置见问题1

# 【/home/ubuntu/fault-localization/gzoltar】
git clone https://github.com/GZoltar/gzoltar.git
mv gzoltar gzoltar-repo && cd gzoltar-repo/
# 跳过测试
mvn clean package -DskipTests=true
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• 注意：修改 fault-localization 中 setup.sh 文件 GZOLTAR_CLI_JAR 和 GZOLTAR_AGENT_JAR 位置颠倒的错误

./setup.sh
# 调整环境变量(不是/etc/profile)
vim ~/.bashrc
1. 在文件最添加下面的内容
export FL_DATA_HOME=/home/ubuntu/fault-localization
export KILLMAP_HOME=$FL_DATA_HOME/killmap
export GZOLTAR_REPO_HOME=$FL_DATA_HOME/gzoltar/gzoltar-repo
export GZOLTAR_CLI_JAR=$GZOLTAR_REPO_HOME/com.gzoltar.cli/target/com.gzoltar.cli-1.7.3-SNAPSHOT-jar-with-dependencies.jar
export GZOLTAR_AGENT_JAR=$GZOLTAR_REPO_HOME/com.gzoltar.agent.rt/target/com.gzoltar.agent.rt-1.7.3-SNAPSHOT-all.jar
export D4J_HOME=$FL_DATA_HOME/defects4j
export DEFECTS4J_HOME=$D4J_HOME
export PATH=$PATH:$D4J_HOME/framework/bin

2. 最后记得运行下面的指令或者直接reboot使环境生效
source ~/.bashrc
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• 注意：代码框架下的setup.sh文件内有多处错误，环境变量GZOLTAR_CLI_JAR和GZOLTAR_AGENT_JAR配置反了，还有"$GZOLTAR_REPO_HOME"总是有地方前面又加上前缀地址，还有配置D4J_HOME环境变量的时候在最后面加上多的/导致后面在Path中与/framework相连时出现问题。建议直接根据上面写的环境变量一一比对后更改

• 修改 untils.sh 324 行
  local relevant_tests_file="$D4J_HOME/framework/projects/$pid/relevant_tests/$bid

• 修改 job.sh 570行
  cp -Rv gzoltars/* "$SCRIPT_DIR/"

• 最后执行GZoltar的job.sh进行测试
  ./job.sh --project Math --bug 1 --output_dir Math/1 --tool developer

1. 在运行setup.sh之前需要修改里面错误的地方

注意将这一部分替换成下面的，作者在写的时候有些地方多加了$HERE/，但是有些地方又没加，导致文件读取失败

GZOLTAR_REPO_HOME="$HERE/gzoltar/gzoltar-repo"
if [ ! -d "$GZOLTAR_REPO_HOME" ]; then
  git clone https://github.com/GZoltar/gzoltar.git "$GZOLTAR_REPO_HOME" || die 'unable to clone GZoltar'
  (cd "$GZOLTAR_REPO_HOME" && \
   git checkout 7abaeaf6c86ecdfac26e39db6a59c27393f9ef19 && \
   mvn clean package -DskipTests)
fi
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2. 修改完成后可以直接运行Dockerfile里面的指令，注意ant版本问题见下面问题2

二、问题

1. 出现mvn编译失败的问题：

[ERROR] Plugin org.apache.maven.plugins:maven-clean-plugin:2.5 or one of its dependencies could not be resolved: Failed to read artifact descriptor for org.apache.maven.plugins:maven-clean-plugin:jar:2.5: Could not transfer artifact org.apache.maven.plugins:maven-clean-plugin:pom:2.5 from/to central (https://repo.maven.apache.org/maven2): transfer failed for https://repo.maven.apache.org/maven2/org/apache/maven/plugins/maven-clean-plugin/2.5/maven-clean-plugin-2.5.pom: Received fatal alert: protocol_version -> [Help 1]
[ERROR] 
[ERROR] To see the full stack trace of the errors, re-run Maven with the -e switch.
[ERROR] Re-run Maven using the -X switch to enable full debug logging.
[ERROR] 
[ERROR] For more information about the errors and possible solutions, please read the following articles:
[ERROR] [Help 1] http://cwiki.apache.org/confluence/display/MAVEN/PluginResolutionException
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产生原因：

此错误表明 Maven 无法从中央 Maven 仓库下载 maven-clean-plugin 插件以及其依赖项的工件描述符。具体错误信息指出了"Received fatal alert: protocol_version"，这可能是因为使用的 SSL/TLS 协议版本有问题。

• 检查网络连接： 确保你正常地上网，可以连接到 Maven 中央仓库（https://repo.maven.apache.org/maven2），你可以试着用网络浏览器打开此 URL。

• 指定使用的 SSL/TLS 协议版本：在你的 Maven 设置文件settings.xml中添加以下配置,这段配置会让 Maven 使用 TLS 1.2 协议与 Maven 仓库进行通信，该文件位于MAVEN_HOME/config目录下：

<settings>
   <profiles>
     <profile>
       <id>defaultProfileid>
       <activation>
         <activeByDefault>trueactiveByDefault>
       activation>
       <properties>
         <maven.wagon.http.ssl.protocols>TLSv1.2maven.wagon.http.ssl.protocols>
       properties>
     profile>
   profiles>
settings>
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• 配置仓库，在MAVEN_HOME目录下面创建repository文件夹作为maven仓库，需要在setting.xml文件中配置仓库位置

 <localRepository>/usr/local/lib/mvn/apache-maven-3.8.8/repositorylocalRepository>
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• 配置镜像，在setting中配置阿里镜像mirror，加速包的下载

<mirror>
     <id>alimavenid>
     <name>aliyun mavenname>
     <url>http://maven.aliyun.com/repository/publicurl>
     <mirrorOf>centralmirrorOf>        
mirror>
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2. 出现ant版本与jdk版本不匹配的问题：

Exception in thread "main" java.lang.UnsupportedClassVersionError: org/apache/tools/ant/launch/Launcher : Unsupported major.minor version 52.0
        at java.lang.ClassLoader.defineClass1(Native Method)
        at java.lang.ClassLoader.defineClass(ClassLoader.java:800)
        at java.security.SecureClassLoader.defineClass(SecureClassLoader.java:142)
        at java.net.URLClassLoader.defineClass(URLClassLoader.java:449)
        at java.net.URLClassLoader.access$100(URLClassLoader.java:71)
        at java.net.URLClassLoader$1.run(URLClassLoader.java:361)
        at java.net.URLClassLoader$1.run(URLClassLoader.java:355)
        at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method)
        at java.net.URLClassLoader.findClass(URLClassLoader.java:354)
        at java.lang.ClassLoader.loadClass(ClassLoader.java:425)
        at sun.misc.Launcher$AppClassLoader.loadClass(Launcher.java:308)
        at java.lang.ClassLoader.loadClass(ClassLoader.java:358)
        at sun.launcher.LauncherHelper.checkAndLoadMain(LauncherHelper.java:482)
root@ubuntu-virtual-machine:~# api-get -y uninstall ant
Command 'api-get' not found, did you mean:
  command 'apt-get' from deb apt (2.4.10)
Try: apt install <deb name>
root@ubuntu-virtual-machine:~# sudo apt-get remove ant
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这种情况一般是ant版本过高导致，解决方法如下：

1. 首先卸载原有的ant：sudo apt-get remove ant
2. 然后去ant下载仓库下载与jdk1.7版本匹配的ant，1.7.*和1.8.*的都是可以的，下载.tar.gz文件复制到linux中解压：sudo tar -zxvf apache-ant-1.8.3-bin.tar.gz
3. 解压后需要配置环境变量，具体的见ant下载配置

三、fault-localization-data—MBFL

• 修改 /myproject/fault-localization-data/killmap/scripts/untils.sh 128 行
  cat "$DEFECTS4J_HOME/framework/projects/$PROJECT/relevant_tests/$BUG" > relevant-test-classes.txt) \