生物信息分析软件在Linux系统下的安装通常有多种途径，其中包括使用包管理工具（如conda）进行安装和通过源代码进行编译安装。这篇笔记简要分享linux下安装生物信息分析软件的方法和技巧，希望能对您有所帮助，建议转发收藏！
本文将以vcftools为例，分别演示使用conda和编译安装两种途径进行软件安装的步骤和方法。
conda是一个开源的软件包管理系统，可以用于安装和管理生物信息分析软件。下面是使用conda安装vcftools的步骤：
https://docs.conda.io/projects/miniconda/en/latest/
创建环境的目的是为了隔离不同软件包之间的依赖关系，避免冲突。
conda create -n myenv
其中myenv是环境的名称，可以根据自己的需要进行修改。
这里的环境相当于不同的小房间，各司其职互不影响。
比如新建一个厨房，往里面安装一个煤气灶，然后安装油烟机，并正常使用。
突然有一天，你心血来潮想安装一个电视，经验告诉你应该新建一个客厅，这样用来安装电视会更好一些，虽然安装在厨房也能看，但哪有人边看电视边切菜啊？
过了一段时间，想上厕所了，需要急切的安装一个马桶，情急之下忘了新建环境，直接把马桶安在厨房，那就有意思了，启动时冲突，无法边做饭边上厕所。
上述小故事中，厨房、客厅和厕所就像是不同的conda环境，马桶、煤气灶、油烟机和电视就像是软件工具，有时候必须把多个软件安装在同一个环境来使用（比如油烟机和煤气灶都在厨房），但是有时候又必须将不同软件安装在不同环境（比如马桶和煤气灶就没法放在一起）。
（小故事收尾，言归正传）
激活新创建的环境。
conda activate myenv
使用conda安装vcftools。
conda install -c bioconda vcftools
这条命令会从bioconda渠道中下载并安装vcftools及其依赖项，具体有不同的仓库channel分别存放着不同的软件，这里根据实际情况进行选择。
安装完成后，可以使用以下命令验证vcftools是否成功安装。如果成功安装，将显示vcftools的版本信息。
vcftools --version
如果无法使用conda安装vcftools，或者需要自定义编译选项，可以选择通过源代码进行编译安装。下面是使用编译安装方式安装vcftools的步骤：
首先，安装必要的编译工具和依赖项。在Ubuntu系统中，可以使用以下命令安装所需的软件包。
sudo apt-get update
sudo apt-get install build-essential zlib1g-dev
其他Linux发行版可以根据自己的包管理器进行安装。
下载vcftools的源代码。可以从vcftools的官方网站或GitHub仓库获取源代码。
wget https://github.com/vcftools/vcftools/archive/refs/tags/v0.1.16.tar.gz
tar -zxvf v0.1.16.tar.gz
cd vcftools-0.1.16
编译和安装vcftools。
make
sudo make install
这将编译源代码并将可执行文件安装到系统路径中。
安装完成后，可以使用以下命令验证vcftools是否成功安装。
vcftools --version
本文介绍了在Linux系统下安装生物信息分析软件的两种常见途径：使用conda进行安装和通过源代码进行编译安装。以vcftools为例，演示了具体的安装步骤和方法。根据实际情况，选择合适的安装方式可以更方便地进行生物信息分析工作。
以上就是在Linux系统下安装生物信息分析软件的步骤和方法的介绍，希望对您有所帮助！
本文由 mdnice 多平台发布