RStudion | 基础使用教程（初学者详细） | 基本设置 | 快捷操作 | 脚本运行 | 画图

一、RStudio界面布局

在之前的文章中介绍过R及RStudio的安装、更新等基础内容，内容如下：

• 新手安装可参考：R | R及Rstudio安装、运行环境变量及RStudio配置
• R | Rstudio安装 |Rstudio空白及显示无法访问此网站
• R包安装参考：R: R package安装的几种方式
• R版本更新及R包迁移参考：R: R版本更新及R包迁移（详细步骤）

本篇则主要介绍R语言的常用编辑器RStudio，在安装RStudio并打开后，界面如图1所示。

图1 RStudio默认分布排版

但通常情况，我们利用RStudio来编写和记录脚本，故可按照“File——New File——R Script”（图2）的顺序添加R脚本窗口，添加后的窗口布局如图3。

图2 RStudio创建R脚本文件

图3 RStudio常规分布排版

二、RStudio基础设置

关于RStudio的基础参数设置，可以在“Tools——Global Options”（图4）中找到。

图4 RStudio基础设置

2.1 general | 常规设置

RStudio常规设置中主要包括（图5）:

• R版本更改；
• 工作路径设置；
• 新打开RStudio内容（程序+源文件）设置;
• .RData数据保存设置；
• 选项卡之间的快捷切换；
• RStudio更新及内容报告。

图5 RStudio常规设置

注:
在打开RStudio之前，利用“ctrl + 点击RStudio图标”快捷键也可以进行R版本的选择。

2.2 Code | 代码

RStudio代码设置中主要包括（图6）:

• 代码缩进量、自动补齐等代码风格设置；
• 代码及符号等的高亮显示设置；
• 文件保存及编码设置；
• 代码补齐参数设置；
• 代码诊断参数显示设置。

图6 RStudio代码设置

注:
“Ctrl + 单击链接”，可在默认浏览器中打开编辑器中的链接。

参考:
RStudio设置选项(全)——2. Code

2.3 Console | 控制台

RStudio控制台设置中主要包括（图7）:

• 代码显示及输出元素设置；
• 报错内容设置。

图7 RStudio控制台设置

注:
“options(max.print=num) ”可以修改元素的显示数量。

2.4 Appearance | 外观

RStudio外观设置中主要包括（图8）:

• 主题设置；
• 代码字体设置。

图8 RStudio外观设置

注:
“R包rsthemes ”可以对RStudio主题进行修改设置。

2.5 Pane Layout | 排版布局

RStudio排版布局设置中主要包括（图9），对应于图3:

• 脚本文件窗口内容；
• 控制台窗口设置；
• 环境变量、历史等窗口；
• 文件、绘图输出等窗口。

图9 RStudio排版布局设置

脚本文件（source）窗口（图10），主要用于打开不同类型的脚本文件（.R、.rmd、.py等）。可同时打开多个活动文件，并对代码命令进行编辑。

图10 RStudio source窗口

控制台（console）窗口（图11），主要用于执行代码命令、提供后台运行R脚本功能。


图11 RStudio source窗口

环境变量（environment）窗口（图12-13），包括Environment、History、Connections、Build、Version Control System (VCS)及Tutorial选项卡。

此处仅列出Environment（查看变量及对象）、History（显示已执行命令行，可对其进行加载、保存和删除）及Tutorial（教程） 选项卡包含内容。


图12 RStudio 环境变量及历史记录窗口

教程选项卡（图13），首次安装R后，此处会提醒需要安装R包 “shiny”及“learner”，按照提示点击链接安装即可。

安装完成后即可打开对应内容进行查看，R包安装及示例如下（图13）。





图13 RTutorial窗口

文件输出（File）窗口（图14），包括Files, Plots, Packages, Help, Viewer和Presentation选项卡。

此处仅列出Files（工作路径及当前路径下的文件内容）、Plots（绘图显示）及Packages（R包安装及更新） 选项卡包含内容。



图14 RStudio 文件、绘图、R包及帮助文档窗口

2.6 Packages | R包

RStudio Packages设置中主要包括（图15）:

• R包管理；
• R包创建。

R包下载安装的镜像源也可以通过以下代码直接进行查看和修改：

# R包当前镜像源查看
> getOption("repos")
                                        CRAN 
"https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/" 
attr(,"RStudio")
[1] TRUE

# R包  CRAN镜像源修改
options(repos=structure(c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")))

# R包  bioconductor（生物信息相关R包）镜像源修改
options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")
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图15 RStudio Packages设置

官方介绍：

• Managing Packages with the RStudio IDE
• Secure Package Downloads for R
• How to Get Consistent Line Breaks in vs Code (LF vs CRLF)

其他相关内容：

• R: R package安装的几种方式
• R: R版本更新及R包迁移（详细步骤）
• R | R包默认安装路径的查看及修改
• 第 2 章 安装与环境配置

2.7 R Markdown

R Markdown 是一种用 R 制作动态文档的文件格式（.Rmd）。R Markdown 文档是用 markdown（一种易于书写的纯文本格式）编写的，其中包含嵌入式 R 源代码块、输出结果及图形展示等。方便同行之间进行交流，可以转换为HTML、PDF及Word等多种格式的报告文件。

RStudio R Markdown设置中主要包括（图16）:

• .Rmd格式文件基础参数设置；
• .Rmd格式文件可视化等参数设置。

图16 RStudio R Markdown设置

相关介绍：

• R Markdown from RStudio
• Exploring RStudio’s Visual Markdown Editor
• R Markdown Tips: Code, Images, Comments, Tables, and more
• Visual R Markdown-Line Wrapping-References
• R Markdown integration in the RStudio IDE
• Untoggle inline output in RMarkdown in RStudio
• R Notebooks-inline output-chunks in directory
• The working directory for R code chunks
• Automatic execution of setup chunk in Rmd

2.8 Python

图17 RStudio Python设置

2.9 Sweave | R编译函数

RStudio Sweave设置中主要包括（图18）:

• PDF生成参数设置；
• R包创建。

图18 RStudio Sweave设置

官方介绍：

• Using Sweave and knitr

2.10 Spelling | 拼写检查

RStudio Spelling设置中主要包括（图19）:

• RStudio词典选择设置；
• 拼写检查参数设置。

图19 RStudio Spelling设置

2.11 Git/SVN

RStudio Git/SVN设置中主要包括（图20）:

• Git/SVN可执行文件位置的设置；
• SSH密钥与GitHub的链接。

图20 RStudio Spelling设置

2.12 Publishing

RStudio Publishing设置中主要包括（图21）:

• 发布账户及相关证书内容设置。

图21 RStudio Publishing设置

相关介绍：

• Publishing to an RStudio Connect Server with a Self-Signed or Untrusted SSL Certificate

2.13 Terminal | Accessibility

相关介绍：

• Using the RStudio Terminal in the RStudio IDE
• Accessibility

三、RStudio快捷操作

图22 标题显示设置

四、RStudio脚本运行

4.1 R包加载

1. 通过函数 “library()” 或 “require()” 加载R包

> library(dplyr)

载入程辑包：‘dplyr’

The following objects are masked from ‘package:stats’:

    filter, lag

The following objects are masked from ‘package:base’:

    intersect, setdiff, setequal, union

> require(R包名称)
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2. 通过RStudio文件窗口中的 “packages” 窗格勾选对应R包

图23 R包加载

4.2 R包查询和使用

• 通过 “.libPaths()”函数查询R包的安装路径，如下所示：

> .libPaths()
[1] "C:/Users/hp/AppData/Local/R/win-library/4.3"
[2] "D:/Program Files/R/R-4.3.1/library"     
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• 通过 “available.packages()”函数查询所用电脑可以安装的R包，如下所示：

> available.packages()
                                 Package                            Version         
A3                               "A3"                               "1.0.0"         
AalenJohansen                    "AalenJohansen"                    "1.0"           
AATtools                         "AATtools"                         "0.0.2"         
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• 通过 “library()” 或 “installed.packages()” 函数查询所有路径下安装的R包，如下所示：

> library()

> installed.packages()
              Package         LibPath                                       Version   
askpass       "askpass"       "C:/Users/hp/AppData/Local/R/win-library/4.3" "1.2.0"   
backports     "backports"     "C:/Users/hp/AppData/Local/R/win-library/4.3" "1.4.1"   
base64enc     "base64enc"     "C:/Users/hp/AppData/Local/R/win-library/4.3" "0.1-3"   
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• 通过 “search()” 或 “(.packages())” 函数查询目前已加载的R包，如下所示：

> search()
 [1] ".GlobalEnv"        "package:dplyr"     "tools:rstudio"     "package:stats"    
 [5] "package:graphics"  "package:grDevices" "package:utils"     "package:datasets" 
 [9] "package:methods"   "Autoloads"         "package:base"

> (.packages())
[1] "dplyr"     "stats"     "graphics"  "grDevices" "utils"     "datasets"  "methods"  
[8] "base"   
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• 通过 “sessionInfo()” 函数查询已安装R包版本，如下所示：

> sessionInfo()
R version 4.3.1 (2023-06-16 ucrt)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows 11 x64 (build 22621)

Matrix products: default


locale:
[1] LC_COLLATE=Chinese (Simplified)_China.utf8  LC_CTYPE=Chinese (Simplified)_China.utf8   
[3] LC_MONETARY=Chinese (Simplified)_China.utf8 LC_NUMERIC=C                               
[5] LC_TIME=Chinese (Simplified)_China.utf8    

time zone: Etc/GMT-8
tzcode source: internal

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] dplyr_1.1.3

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] digest_0.6.33     utf8_1.2.3        R6_2.5.1          fastmap_1.1.1    
 [5] tidyselect_1.2.0  xfun_0.40         magrittr_2.0.3    glue_1.6.2       
 [9] tibble_3.2.1      knitr_1.44        pkgconfig_2.0.3   htmltools_0.5.6  
[13] generics_0.1.3    rmarkdown_2.25    lifecycle_1.0.3   cli_3.6.1        
[17] fansi_1.0.4       vctrs_0.6.3       rsconnect_1.1.1   compiler_4.3.1   
[21] rstudioapi_0.15.0 tools_4.3.1       pillar_1.9.0      evaluate_0.21    
[25] yaml_2.3.7        rlang_1.1.1
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• 通过 “help()”函数对R包的函数功能进行查询，如下所示：

help(package="R包名称")
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• 通过 “help()”函数对特定函数属于哪个R包进行查询，如下所示：

help("函数名")
1

• 通过 “detach(“package:R包名称”)”卸除（取消加载）已加载的R包，如下所示：

detach("package:R包名称")
1

• 通过 “remove.packages()”函数卸载R包，如下所示：

remove. packages(c(“R包名称1”,”R包名称2”) , lib = file .path(“输入R包安装路径”, “to”, “library”))
1

• 通过 “update.packages()”函数更新R包，如下所示：

update.packages()
1

4.3 脚本编写、记录及运行

- 脚本编写及记录

通常情况下，可以在《脚本文件窗口》及《控制台》直接输入代码命令，但当运行部分代码命令后，可以在《环境变量窗口、历史》中将运行过的特定代码命令输入到《脚本文件窗口》或《控制台》窗口中，并进行再次运行及保存。

图24 代码行运行操作

- 脚本运行

1. 选择需要运行的单行或多行代码，通过 Ctrl + Enter 键或点击 Source 窗口标题栏的 “Run” 按钮。

图25 代码行运行命令

2. 运行某一段代码后，通过 ctrl + alt + p 键，可重新运行上一次运行的单行或多行代码命令。
3. 执行所有命令行，通过 Ctrl + Shift + Enter 键 或使用标题栏上的 Source 按钮。

图26 所有代码行运行命令

五、RStudio图形绘制

在R安装路径无中文的情况下，运行代码绘图，会在右下角文件窗口的plot窗口中显示绘制图形，如图27。

图27 plot绘图窗口展示

但当路径下有中文时，RStudio则不显示绘制图形，可通过 “dev.new()” 来创建一个新的图形窗口进行展示，并用 “dev.off()” 关闭创建的图形窗口。

参考内容：

• Learning R Online
• Customizing the RStudio IDE
• 房子下面一头猪（详细）-RStudio入门教程
• R语言初级教程(02): RStudio的使用
• R语言：从基础到进阶
• R的安装与配置