利用不同类型数据构建系统发育树

目前在文献存在多种利用不同的数据类型进行系统发育树的构建。

一. 数据类型

（1）SNP-单核苷酸多态性（Single nucleotide polymorphism）

          利用SNP数据构建Phylogenetic tree，

（2）转录组数据

（3）单拷贝直系同源基因（single-copy orthologous genes）          利用orthofinder寻找单拷贝基因构建系统发育树

（4）低拷贝基因（LCN, low copy nucleotide）参考文献         The water lily genome and the early evolution of flowering plants

（5）位于单拷贝同源基因的区域的SNP（SNPs located in the regions of single-copy orthologous genes）

（6）基于核基因组、叶绿体（chloroplast -cp）和线粒体（mitochondrion -mt)

二. 构树方法

主要有距离法(UPGMA)，最大似然法(ML)，邻接树法（NJ）等 

具体参照 构树方法

三. 构树软件

构树软件

1. MEGA（分子进化遗传学分析）： MEGA 是一个综合软件包，提供系统发育分析工具，包括序列比对、模型选择、树构建（最大似然、邻接和 UPGMA）和树可视化。 它还提供了用于进化分析的各种统计测试和工具。
2. 物理层： PhyML 是一种流行的基于最大似然的系统发育树构建工具。 它实现了高效的算法，并提供了选择进化模型、执行分支支持分析和可视化树的选项。 PhyML 以其处理大型数据集的速度和准确性而闻名。
3. RAxML（随机轴化最大似然法）： RAxML 是一种广泛使用的软件，用于基于最大似然的系统发育推断。 它支持各种替代模型、用于分支支持估计的自举以及用于大规模分析的并行计算。 RAxML 对于使用 DNA 或蛋白质序列数据构建系统发育树特别有用。
4. BEAST（通过采样树进行贝叶斯进化分析）： BEAST 是一个强大的系统发育树贝叶斯推理和分子钟分析软件包。 它允许估计分歧时间、进化速率和祖先特征状态。 BEAST 提供了一个灵活的框架来整合复杂的进化模型和先验信息。
5. PAUP*（使用简约的系统发育分析）： PAUP* 是一种广泛使用的基于简约方法的系统发育分析软件。 它提供用于序列比对、树重建、自举分析和字符状态优化的工具。 PAUP* 支持各种启发式搜索算法并提供用户友好的界面。
6. 贝叶斯先生： MrBayes 是一款流行的贝叶斯系统发育推理软件。 它使用马尔可夫链蒙特卡罗 (MCMC) 方法来探索树空间并估计后验概率。 MrBayes 支持不同的替代模型、分区模型和复杂的进化模型。 它还提供用于可视化和收敛诊断的工具。
7. ClustalW 和 Clustal Omega： ClustalW 和 Clustal Omega 是广泛使用的多序列比对工具。 他们根据相似性比对 DNA 或蛋白质序列，并生成适合系统发育分析的比对。 Clustal Omega 是一个改进版本，可以更高效地处理大型数据集。
8. 无花果树： FigTree 是一种用户友好的工具，用于可视化和注释系统发育树。 它支持不同的树文件格式，并提供用于自定义树外观的选项，例如颜色编码、分支长度缩放和标签格式。

四. 可视化和美化软件

常见的软件:

1. iTOL

2.Evolview

3.Figtree