申请软件著作权可以由代理人申请，著作权人可以有两个乃至更多。独立开发完成软件的自然人、法人或其他组织以及通过合同约定、继承、受让或者承受软件著作权的自然人、法人或者其他组织都可以成为著作权人。
《著作权法》第十一条规定，著作权属于作者，本法另有规定的除外。 创作作品的公民是作者。 由法人或者其他组织主持，代表法人或者其他组织意志创作，并由法人或者其他组织承担责任的作品，法人或者其他组织视为作者。 如无相反证明，在作品上署名的公民、法人或者其他组织为作者。
软件著作权有以下五个保护作用：
1、明确归属，有利于版权交易的进行。
2、可用于质押贷款，有助解决企业经济危机。
3、可以有效打击盗版和山寨产品。
4、有助维权，可帮助持有者在诉讼中减轻举证责任。
5、作为商标异议的证据，是企业商标战争的筹码。
国务院著作权行政管理部门要规范和加强软件著作权登记制度，鼓励软件著作权登记，并依据国家法律对已经登记的软件予以重点保护。
软件版权受到侵权时，对于软件著作权登记证书司法机关可不必经过审查，直接作为有力证据使用;此外也是国家著作权管理机关惩处侵犯软件版权行为的执法依据。