R语言实操记录——获取包的三种渠道及安装包的三种方式

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R语言实操记录——获取包的三种渠道及安装包的三种方式

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一、获取包的三种渠道

• 渠道1 、CRAN：R语言的官网，里面包含有绝大多部分领域的大部分包。

• 渠道2、Bioconductor：生物专业的相关网页，包含有大部分的专业数据分析包。
• 渠道3、Github：一部分还未被官网收录的包或者比较新的包会被发布在Github上。

二、安装包的三种方式

• 每种渠道都有自己的安装方式

2.1、CRAN

• 之前将了基于R的两种安装包的方式link，这里讲一下基于RStudio的三种安装方式。

• 三种方法就是基于之前讲的两种方法的演变，前两种是在线安装，第三种是源码安装

• 安装前可以在RStudio中的选项卡 Tools -> Global Options -> Packages 下调整镜像源（CRAN），选China的可以提高下载速度，当前镜像源崩溃时也可以用这方法来切换别的镜像源下载。（此方法是基于RStudio的，基于R的也在前面文章中介绍过）

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  • 方法一：调用函数 install.packages(“packagename”)（单引号也是一样的效果）

  • 方法二：RStudio中的选项卡 Tools -> Install Packages（在线安装）

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  • 方法三：找到对应官网，下载源码压缩包（.zip,.tar.gz）后在RStudio中的选项卡 Tools -> Install Packages（源码安装）（需要自己下载依赖项）

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2.2、Bioconductor

• 在线安装：

if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
# 安装Bioconductor的包需要用到BiocManager包来实现（：：表示调用BiocManger中的install函数）
# 上面两句函数是用来搜索是否已经安装BiocManager包的，没有则安装。
# 假如已经确定安装过此包，可以直接输入下面的语句来安装包
BiocManager::install("Packagename")
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• 源码安装：（同上述方法三）
• 切换镜像源：Bioconductor是外网，在下载时容易中断或速度较慢，可以切换为国内的镜像源。
  • 清华镜像
  • 运行下述语句就可以实现安装

options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")
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2.3、Github

• 安装方式：（官网上查找对应的包，下面一般会给出安装语句）

install.packages("devtools")
# 预先安装devtools包

devtools::install_github('Creatorname/Packagename')
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• 示例：安装monocle3包

devtools::install_github("cole-trapnell-lab/monocle3")
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注意

• 一般在安装Bioconductor包或者Github包时会提问是否需要更新其他包，这里选择否
• 原因：包之间都存在着依赖关系，但是由于开发包的时间不同，基于的版本号也不同，更新可能会导致包之间依赖关系的崩溃，所以建议不要全部更新，而是只更新需要的包。