R语言和医学统计学（7）：多元线性回归

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医学和生信笔记，专注R语言在临床医学中的使用，R语言数据分析和可视化。

前言

这是R语言和医学统计学的第7篇内容。

主要是用R语言复现课本中的例子。我使用的课本是孙振球主编的《医学统计学》第4版，封面如下：

多元线性回归

使用课本例15-1的数据，手动摘录：

df15_1 <- data.frame(
  cho = c(5.68,3.79,6.02,4.85,4.60,6.05,4.90,7.08,3.85,4.65,4.59,4.29,7.97,
      6.19,6.13,5.71,6.40,6.06,5.09,6.13,5.78,5.43,6.50,7.98,11.54,5.84,
      3.84),
  tg = c(1.90,1.64,3.56,1.07,2.32,0.64,8.50,3.00,2.11,0.63,1.97,1.97,1.93,
      1.18,2.06,1.78,2.40,3.67,1.03,1.71,3.36,1.13,6.21,7.92,10.89,0.92,
      1.20),
  ri = c(4.53, 7.32,6.95,5.88,4.05,1.42,12.60,6.75,16.28,6.59,3.61,6.61,7.57,
      1.42,10.35,8.53,4.53,12.79,2.53,5.28,2.96,4.31,3.47,3.37,1.20,8.61,
      6.45),
  hba = c(8.2,6.9,10.8,8.3,7.5,13.6,8.5,11.5,7.9,7.1,8.7,7.8,9.9,6.9,10.5,8.0,
      10.3,7.1,8.9,9.9,8.0,11.3,12.3,9.8,10.5,6.4,9.6),
  fpg = c(11.2,8.8,12.3,11.6,13.4,18.3,11.1,12.1,9.6,8.4,9.3,10.6,8.4,9.6,10.9,
     10.1,14.8,9.1,10.8,10.2,13.6,14.9,16.0,13.2,20.0,13.3,10.4)
  )

str(df15_1)
## 'data.frame':	27 obs. of  5 variables:
##  $ cho: num  5.68 3.79 6.02 4.85 4.6 6.05 4.9 7.08 3.85 4.65 ...
##  $ tg : num  1.9 1.64 3.56 1.07 2.32 0.64 8.5 3 2.11 0.63 ...
##  $ ri : num  4.53 7.32 6.95 5.88 4.05 ...
##  $ hba: num  8.2 6.9 10.8 8.3 7.5 13.6 8.5 11.5 7.9 7.1 ...
##  $ fpg: num  11.2 8.8 12.3 11.6 13.4 18.3 11.1 12.1 9.6 8.4 ...
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数据一共5列，第1列是总胆固醇，第2列是甘油三酯，第3列是胰岛素，第4列是糖化血红蛋白，第5列是空腹血糖（因变量）。

在建立回归方程前，先简单探索下数据：

library(GGally)
## 载入需要的程辑包：ggplot2
## Registered S3 method overwritten by 'GGally':
##   method from   
##   +.gg   ggplot2

ggpairs(df15_1) + theme_bw()
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从这幅图来看，血糖和糖化血红蛋白相关性最大，和甘油三酯关系最小。

接下来建立回归方程：

f <- lm(fpg ~ cho + tg + ri + hba, data = df15_1)

summary(f)
## 
## Call:
## lm(formula = fpg ~ cho + tg + ri + hba, data = df15_1)
## 
## Residuals:
##     Min      1Q  Median      3Q     Max 
## -3.6268 -1.2004 -0.2276  1.5389  4.4467 
## 
## Coefficients:
##             Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)  
## (Intercept)   5.9433     2.8286   2.101   0.0473 *
## cho           0.1424     0.3657   0.390   0.7006  
## tg            0.3515     0.2042   1.721   0.0993 .
## ri           -0.2706     0.1214  -2.229   0.0363 *
## hba           0.6382     0.2433   2.623   0.0155 *
## ---
## Signif. codes:  0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1 ' ' 1
## 
## Residual standard error: 2.01 on 22 degrees of freedom
## Multiple R-squared:  0.6008,	Adjusted R-squared:  0.5282 
## F-statistic: 8.278 on 4 and 22 DF,  p-value: 0.0003121
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这个结果信息很丰富，给出了截距，各自变量的系数以及标准误、t值、P值，最下方给出了决定系数R2，调整后的R2，F值，总体方程的P值等。

回归诊断

判断数据是否满足多元线性回归的条件。

可以通过看图来判断

opar <- par(mfrow = c(2,2))

plot(f)
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par(opar)
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• 第1幅图（左上）是残差拟合图，展示真实残差和拟合残差的关系，判读是否满足线性这个条件，如果满足，则应该为一条直线，但是本图明显是一条曲线，说明不是很满足线性这个条件，可能需要加二次项。

• 第2幅图（右上）是正态Q-Q图，判断是否满足正态性这个条件，通过这个图来看，基本满足。

• 第3幅图（左下）是位置尺度图，判读是否满足同方差性，如果满足，水平线两侧的点应该随机分布，从此图来看基本满足。

• 第4幅图（右下）是残差杠杆图，用于识别离群点等。

也可以通过统计方法验证

首先是线性回归模型的综合验证

library(gvlma)
gvmodel<-gvlma(f)
summary(gvmodel)
## 
## Call:
## lm(formula = fpg ~ cho + tg + ri + hba, data = df15_1)
## 
## Residuals:
##     Min      1Q  Median      3Q     Max 
## -3.6268 -1.2004 -0.2276  1.5389  4.4467 
## 
## Coefficients:
##             Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)  
## (Intercept)   5.9433     2.8286   2.101   0.0473 *
## cho           0.1424     0.3657   0.390   0.7006  
## tg            0.3515     0.2042   1.721   0.0993 .
## ri           -0.2706     0.1214  -2.229   0.0363 *
## hba           0.6382     0.2433   2.623   0.0155 *
## ---
## Signif. codes:  0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1 ' ' 1
## 
## Residual standard error: 2.01 on 22 degrees of freedom
## Multiple R-squared:  0.6008,	Adjusted R-squared:  0.5282 
## F-statistic: 8.278 on 4 and 22 DF,  p-value: 0.0003121
## 
## 
## ASSESSMENT OF THE LINEAR MODEL ASSUMPTIONS
## USING THE GLOBAL TEST ON 4 DEGREES-OF-FREEDOM:
## Level of Significance =  0.05 
## 
## Call:
##  gvlma(x = f) 
## 
##                      Value  p-value                   Decision
## Global Stat        9.68910 0.046003 Assumptions NOT satisfied!
## Skewness           0.65344 0.418886    Assumptions acceptable.
## Kurtosis           0.04015 0.841193    Assumptions acceptable.
## Link Function      7.68064 0.005582 Assumptions NOT satisfied!
## Heteroscedasticity 1.31487 0.251515    Assumptions acceptable.
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从最后一句话看，我们的数据满足多元线性回归的所有统计假设，如果不满足会有对应输出。

回归模型条件挨个验证

library(car)
## 载入需要的程辑包：carData

# 验证正态性
qqPlot(f,labels = row.names(df15_1), id.method = "identify",simulate = T,
       main = "Q-Q plot")   
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## [1] 13 26
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从图中可看出正态性基本满足（第13个点和第26个点是“害群之马”）。

# 验证因变量独立性
durbinWatsonTest(f)   
##  lag Autocorrelation D-W Statistic p-value
##    1       0.1778885      1.634654   0.332
##  Alternative hypothesis: rho != 0
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P值大于0.05，满足条件。

# 验证线性
crPlots(f)
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通过观察成分残差图，线性基本满足。

# 验证方差齐性
ncvTest(f)   
## Non-constant Variance Score Test 
## Variance formula: ~ fitted.values 
## Chisquare = 0.0004274839, Df = 1, p = 0.9835
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P值大于0.05，方差齐性满足。

# 还是验证方差齐性
spreadLevelPlot(f) 
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 ## Suggested power transformation:  -0.4993159
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基本满足。

多重共线性的检验

通过计算方差膨胀因子检验

vif(f)
##      cho       tg       ri      hba 
## 2.185539 1.779862 1.278364 1.266730
vif(f)>4
##   cho    tg    ri   hba 
## FALSE FALSE FALSE FALSE
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都小于4（标准有争议），基本不存在多重共线性。

逐步选择法

向后回归：

library(MASS)
stepAIC(f, direction = "backward")
## Start:  AIC=42.16
## fpg ~ cho + tg + ri + hba
## 
##        Df Sum of Sq     RSS    AIC
## - cho   1    0.6129  89.454 40.343
##                88.841 42.157
## - tg    1   11.9627 100.804 43.568
## - ri    1   20.0635 108.905 45.655
## - hba   1   27.7939 116.635 47.507
## 
## Step:  AIC=40.34
## fpg ~ tg + ri + hba
## 
##        Df Sum of Sq     RSS    AIC
##                89.454 40.343
## - ri    1    25.690 115.144 45.159
## - tg    1    26.530 115.984 45.356
## - hba   1    32.269 121.723 46.660
## 
## Call:
## lm(formula = fpg ~ tg + ri + hba, data = df15_1)
## 
## Coefficients:
## (Intercept)           tg           ri          hba  
##      6.4996       0.4023      -0.2870       0.6632
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向前回归：

stepAIC(f, direction = "forward")
## Start:  AIC=42.16
## fpg ~ cho + tg + ri + hba
## 
## Call:
## lm(formula = fpg ~ cho + tg + ri + hba, data = df15_1)
## 
## Coefficients:
## (Intercept)          cho           tg           ri          hba  
##      5.9433       0.1424       0.3515      -0.2706       0.6382
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逐步回归：

stepAIC(f, direction = "both")
## Start:  AIC=42.16
## fpg ~ cho + tg + ri + hba
## 
##        Df Sum of Sq     RSS    AIC
## - cho   1    0.6129  89.454 40.343
##                88.841 42.157
## - tg    1   11.9627 100.804 43.568
## - ri    1   20.0635 108.905 45.655
## - hba   1   27.7939 116.635 47.507
## 
## Step:  AIC=40.34
## fpg ~ tg + ri + hba
## 
##        Df Sum of Sq     RSS    AIC
##                89.454 40.343
## + cho   1     0.613  88.841 42.157
## - ri    1    25.690 115.144 45.159
## - tg    1    26.530 115.984 45.356
## - hba   1    32.269 121.723 46.660
## 
## Call:
## lm(formula = fpg ~ tg + ri + hba, data = df15_1)
## 
## Coefficients:
## (Intercept)           tg           ri          hba  
##      6.4996       0.4023      -0.2870       0.6632
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全局择优法

也就是全子集回归法。

library(leaps)
leaps <- regsubsets(fpg ~ cho + tg + ri + hba, data = df15_1, nbest=4)

plot(leaps, scale = "Cp") # 通过Cp判断
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Cp是越小越好的，从上面这幅图来看，纳入3个自变量（tg/ri/hba）时最好。

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