Galaxy生信云平台|制作临床信息表/三线表/Table 1

临床基线表是在临床研究中用于记录和收集患者初始诊断、治疗前的基本信息以及其他关键变量的表格或数据库。这些基本信息通常被用作研究的起点，用于建立患者的初始状态或基线状态。

本文介绍通过Galaxy生信云平台 usegalaxy.cn 制作临床基线表/三线表的方法。

1. 数据准备

要制作临床基线表/三线表，首先要将临床信息整理成表格：

• 每一行是一个样本；

• 每一列是一个变量。

比如：

本文将以平台自带的一个测试数据集（tableone_pbc.tsv）为例进行演示。

2. Galaxy平台操作步骤

2.1 选择工具

• 进入Galaxy生信云平台：usegalaxy.cn（建议使用Chrome或Firefox浏览器）。

• 主页左侧工具列表中，找到 Statistics > 临床基线表，点击进入工具界面。

2.2 选择测试数据集

点击输入数据最右边按钮 Browse datasets > Data libraries > Table data > tableone_pbc.tsv，如图：

   

2.3 运行工具

完成数据集的选择后，我们保持其他参数设定框为空，以默认参数运行工具：

  

2.3 查看结果

点击眼睛图标，查看计算结果：

结果展示：

2.4 下载结果

点击显示数据详情：

点击磁盘图标下载结果文件：

结果是一个文本文件，可以用文本编辑器或者Excel打开：

3. 调整参数重新计算

在Galaxy平台上重新调整参数再次运行工具是非常方便的，只需要点击界面中的“重运行”按钮：

可以看到，界面中出现了刚才运行任务时的参数设置，也就是说，当重新运行任务时，上一次运行的参数得到了保留，我们只需要进行必要的修改，即可再次运行工具。

进行必要的修改，如：

• 指定一个分类变量：sex

• 指定两个符合正态分布的变量：trig, platelet（仅仅是用于举例，实际要依变量的性质而定）

• 指定两个不符合正态分布的变量：time, age（仅仅是用于举例，实际要依变量的性质而定）

• 指定两个分类变量：status, trt。当分类变量以数值表示时，必须明确指定其为分类变量，否则会自动按数值变量处理。

再次点击 Run Tool 运行，查看结果：

可以看到：

• 对于符合正态分布的变量，计算了平均数和标准差：mean(SD)

• 对于不符合正态分布的变量，计算了中位数和上下四分位数：median(IQR)

• 对于分类变量，计算了它们的数量及其中总数中的百分比（%），以数值表示的分类变量得到了正确的处理

此外，表中还展示了 p 值 ，关于检验方法：

• 正态分布的数据，进行了参数检验

• 不符合正态分布的数据，进行了非参数检验

• 分类数据，进行了Fisher精确检验

限于篇幅，本文就介绍到这里，更多生信工具，请到Galaxy生信云平台 usegalaxy.cn 网站进行探索。

3. 最后

生信分析已经进入2.0时代，即云平台时代。

Galaxy生信云平台 usegalaxy.cn 致力于降低生信分析门槛，将许多常见的生信分析都放到云上，用户无需安装本地软件或R包，只需要上传数据，点击鼠标即可进行生信分析。